9mg5

Structure of Saccharomyces cerevisiae mRNA cap (guanine-N7) methyltransferase, Abd1, in complex with sinefungin and GTP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mg5
沉积日期 deposition_date	2024-12-10
结构标题 title	Structure of Saccharomyces cerevisiae mRNA cap (guanine-N7) methyltransferase, Abd1, in complex with sinefungin and GTP
关键词 keywords	METHYLTRANSFERASE, MRNA, CAP, SAH, TRANSFERASE, Abd1, S. cerevisiae; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.89 Å
零角强度 I(0) i0	86986700.00
分子量 molecular_weight	72591.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90534 Å³
包络体积 envelope_volume	108910 Å³
水化壳体积 shell_volume	34050 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.7 Å
壳层 Rg shell_rg	34.11 Å
包络 Rg envelope_rg	26.06 Å
形状 Rg shape_rg	25.88 Å
总 Rg total_rg	26.78 Å
总原子数 total_atoms	10004
残基数 n_residues	591
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.6 Å
Rg (实空间) rg_real	26.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6972
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.502
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.089; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.956

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
分子量 formula_weight	37000.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.56
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10970

SDQIVREHYNERTIIANRAKRNLSPIIKLRNFNNAIKYMLIDKYTKPGDVVLELGCGKGGDLRKYGAAGISQFIGIDISNASIQEAHKRYRSMRNLDYQVVLITGDCFGESLGVAVEPFPDCRFPCDIVSTQFCLHYAFETEEKARRALLNVAKSLKIGGHFFGTIPDSEFIRYKLNKFPKEVEKPSWGNSIYKVTFENNSYQKNDYEFTSPYGQMYTYWLEDAIDNVPEYVVPFETLRSLADEYGLELVSQMPFNKFFVQEIPKWIERFSPKMREGLQRSDGRYGVEGDEKEAASYFYTMFAFRKVKQYIEPESVKPN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae YJM789
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	307796
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SINEFUNGIN
分子量 formula_weight	381.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	530

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.732 Å
晶胞边长 b length_b	95.732 Å
晶胞边长 c length_c	129.256 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	29.870 Å
R 因子 r_factor	0.1177
R_work r_work	0.1075
R_free r_free	0.1266

fit	/app/data/saxs_computation/mg/9mg5/9mg5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mg/9mg5/9mg5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mg/9mg5/9mg5.dat