9mg6

;Structure of Saccharomyces cerevisiae mRNA cap (guanine-N7) methyltransferase variant, Abd1-K163R-K311R-F387Y-Y416F, in complex with sinefungin and GTP ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mg6
沉积日期 deposition_date	2024-12-10
结构标题 title	;Structure of Saccharomyces cerevisiae mRNA cap (guanine-N7) methyltransferase variant, Abd1-K163R-K311R-F387Y-Y416F, in complex with sinefungin and GTP ;
关键词 keywords	METHYLTRANSFERASE, MRNA, CAP, SAH, TRANSFERASE, Abd1, S. cerevisiae; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.33 Å
零角强度 I(0) i0	176863000.00
分子量 molecular_weight	105560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	131300 Å³
包络体积 envelope_volume	164420 Å³
水化壳体积 shell_volume	41126 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.81 Å
包络 Rg envelope_rg	33.07 Å
形状 Rg shape_rg	33.34 Å
总 Rg total_rg	33.78 Å
总原子数 total_atoms	7421
残基数 n_residues	885
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.2 Å
Rg (实空间) rg_real	34.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	176900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9053
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.187
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.702
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.961

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
分子量 formula_weight	34270.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.56
突变 mutation	K163R, K311R, F387Y, Y416F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7661

SPIIKLRNFNNAIKYMLIDKYTRPGDVVLELGCGKGGDLRKYGAAGISQFIGIDISNASIQEAHKRYRSMRNLDYQVVLITGDCFGESLGVAVEPFPDCRFPCDIVSTQFCLHYAFETEEKARRALLNVAKSLKIGGHFFGTIPDSEFIRYKLNKFPKEVEKPSWGNSIYRVTFENNSYQKNDYEFTSPYGQMYTYWLEDAIDNVPEYVVPFETLRSLADEYGLELVSQMPFNKFFVQEIPKWIERYSPKMREGLQRSDGRYGVEGDEKEAASYFFTMFAFRKVKQYIEPESVKPN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae YJM789
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	307796
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SINEFUNGIN
分子量 formula_weight	381.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	240

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.779 Å
晶胞边长 b length_b	201.170 Å
晶胞边长 c length_c	160.532 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	17.980 Å
R 因子 r_factor	0.1799
R_work r_work	0.1781
R_free r_free	0.2152

fit	/app/data/saxs_computation/mg/9mg6/9mg6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mg/9mg6/9mg6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mg/9mg6/9mg6.dat