9mgz

Dunaliella tertiolecta PSI-LHCI-TIDI1 supercomplex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 207.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mgz
沉积日期 deposition_date	2024-12-11
最后修订 last_revision	2025-06-25
结构标题 title	Dunaliella tertiolecta PSI-LHCI-TIDI1 supercomplex
关键词 keywords	;iron homeostasis; membrane protein; photosystem I; Dunaliella; green alga; PSI-LHCI supercomplex; TIDI; thylakoid iron-deficiency induced protein; photosynthetic apparatus; photosynthesis; eukaryotes, PHOTOSYNTHESIS; Dunaliella tertiolecta, PHOTOSYNTHESIS ;; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.79 Å
零角强度 I(0) i0	3404070000.00
分子量 molecular_weight	619470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	820190 Å³
包络体积 envelope_volume	1013900 Å³
水化壳体积 shell_volume	138500 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.6 Å
壳层 Rg shell_rg	63.63 Å
包络 Rg envelope_rg	58.77 Å
形状 Rg shape_rg	58.82 Å
总 Rg total_rg	58.79 Å
总原子数 total_atoms	44202
残基数 n_residues	3918
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	207.2 Å
Rg (实空间) rg_real	59.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4040e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3405000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8661
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	63.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.430
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	605600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.799; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.885

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (30)

Entity 1 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	24763.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,a
原子数 atom_count	44202

MQVMQRTFGASPVAKQAVNRSVVRPSIRVQAQRAGNFAPGSEPKEYLNDLPGNFNFDPLELGKEKGTLQRYREAELIHCRWAMLGAAGCLAVEVLGLGNWYDAPLWAVTGDKPTWFGIEVPFDIATILGVEVVAMAVAEGLRNDNQDMEKRLYPGGAFDPLGFSKDPKSFEDKKLKELKNGRLAMVACLGFAGQHAATGKPILEALGDHLSSPFFNNFATNGVSVPGV

Entity 2 polymer

描述 description	LHCA3
分子量 formula_weight	30708.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MASLFAKTQALQGLTTKAPKSLRRQVVVRAEGEQQPPAPAAEAKQTSVAKVDRSKDVLYVGSDAAALKYLDGTLPGDYGFDPLGLLDPTVSNGQGAGGFVNPRWLQYSEVIHARWAMLGAAGCIAPEILGKAGVIPAETAVDWFRTGVIPPAGVYKDFWADPFTLFFIEVVAIQFAELKRLQDYKNPGSQSRQYFLGLEGLFKGSDNPAYPGGPFFNFANFGKTEAEMKKLKLNEIKNGRLAMLAMFGYGAQAVITGDGPFDNLLAHLADPTGANLITNLGGKFGQ

Entity 3 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	27611.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7,c

MSMLLNKSVSLQTSAKASQAARSVAPRSVASRRNVAARAGADRPLWSPGSQPPAWLDGSLAGDYGFDPLHLSEEPEMRKWMVQAELVHARWAMLGVAGILFTSIAAKNGAPFPDWYDAGKEAIKTSPAPLGSLIFTELLLFGWVETKRLYDLRNPGSQGDGSFLGITDGLKGKENGYPGGLFDPMGMSKNEASFKEAKVKEIKNGRLAMLAFVGFIAQHHATHKSPIDNLVDHVADPFHVTFATNGVSVPHFTEF

Entity 4 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	27475.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8,b

MQVMQKQCMRASGVKAPLSRRSVTVKANMNGNWLPGSQTPAHLKDLKMAGNFGFDPLNLGAEPEALRWYQQAELVHSRTAMMAVAGILIPGLFTKLGALNVPQWYEAGKVYIEGEGAIPFGTLLMSTLFSYAFVEGKRWQDFRNPGSQAEPGTFFGLEGMFKGTDNGYPGGIFDPLGYSKTSPEKLDELKLKEIKNGRLAMVAFLGFAGQYSATGKGPIDNLADHLADPWHNTFAENGVSVPGLSAVEQAAASL

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83109.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MTISSPEREAKKVKIAVDRNPVETNFEKWAKPGHFSRALAKGPNTTTWIWNLHADAHDFDNHTSDLEEISRKVFSAHFGQLGIILIWLSGMYFHGARFSNYEGWLSDPTHIKPSAQVVWPIVGQEILNGDVGGGFQGIQITSGFFQLWRASGITSELQLYSTAIGGLVLAAACFFAGWFHYHKAAPKLEWFQNVESMLNHHLAGLLGLGSLAWAGHQIHVSLPVNKLLDAGVDPKEIPLPHEFLLNQSIIADLYPSFSKGLAPFFTLNWAEYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLAIAVLFLVAGHQYRTNWGIGHSIKDILESHKGPFTGNGHAGLYEILTTSWHAQLAINLALFGSLSIIVAHHMYAMPPYPYLATDYGTQLSLFTHHMWIGGFCVVGAGAHAAIFMVRDYDPTNNYNNLLDRVIRHRDAIISHLNWVSIFLGFHSFGLYIHNDTMSALGRPQDMFSDTAIQLQPVFAQWIQNTHFTAPQLTAPNALAATSLTWGGDVVAVGGKVAMMPIALGTSDFLVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLFARSSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSAWDHVFLGLFWMYNSLSIVIFHFSWKMQSDVWGTVTDSGVSHITGGNFAQSANTINGWLRDFLWAQSSQVIQSYGSALSAYGLMFLGAHFVWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLRVAPSIQPRALSITQGRAVGVAHYLLGGIATTWSFFLARIIAVG

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	81895.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATKLFPKFSQGLAQDPSTRRIWYGLATAHDFESHDGMTEENLYQKIFASHFGQLAIIFLWTSGNLFHVAWQGNFEQWVTDPIHVRPIAHAIWDPHFGQPAVEAFTRGGASGPVNIATSGVYQWWYTIGLRSNQELYVSSVFLALVSAVFLFAGWLHLQPNFQPSLSWFKDAESRLNHHLSGLFGVSSLAWTGHLVHVAIPESRGQHVGWDNFLSVLPHPQGLTPFWSGNWAAYAQNPDTASHAFGTADGSGTAILTFLGGFHPQTQSLWLSDMAHHHLAIAVLFIVAGHMYRTNFGIGHRLEAILEAHTPPAGGLGAGHKGLFHTVNNSLHFQLGLALASVGTITSLVAQHMYSLPPYAYLAVDFTTQASLYTHHQYIAGFIMCGAFAHGAIFFIRDYDPEQNKGNVLARVLDHKEAIISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVQAFGTPEKQILIEPVFAQWIQAAQGKSLYGFDLLLASSSSSAYSAGQSLWLPGWLEAINNNQNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAYDAFYLAVFWMLNTIGWVTFYWHWKHLTLWQGNVSQFDESSTYLMGWLRDYLWLNSSQLINGYNPFGMNSLSVWAWTFLFGHLVYATGFMFLISWRGYWQELIETLVWAHEKTPLANLVYWKDKPVALSIVQARLVGLAHFSVGYIFTYAAFLIASTSGRFG

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8848.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAHVVKIYDTCIGCTQCVRACPLDVLEMVPWDGCKAAQMASSPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSVRVYLGNESTRSLGLAY

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
分子量 formula_weight	21171.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MQALRSTSAASRASCRPSYEGRRAAFVVRAEAAPAAGAPPAAPKKKAPPPPWKQPELDPDTPSPIFGGSTGGLLRKAQVEEFYVTTWESPKEQIFEMPTGGAAIMRKGPNLLKFARKEQCLALTTQLRTKFKMTPCFYRVYADGKVEYLHPKDGVYPEKVNAGRVGVNQNMRSIGENVDPIKVKFTGSQPFTI

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	12210.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MATLSASRVSCRPSFAAKPQRTCRLMVRAQDAAPPAEPKAAPKKKEVGPKRGSLVKVLRPESYWYNQVGKVVSVDQSGIRYPVVVRFENQNYAGVSTNNYALDEVTDPPAK

Entity 10 polymer

描述 description	PSAF1
分子量 formula_weight	24645.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MASLAQMNLRSAPLARAPAARPVARRSAIVAKAQEQNMGAVACATALALTMGLTADVQPASADVAGLTPCSESKAYNKLERKELKTLEKRLKKYEPGSAPYLALQATKERTQNRFKNYAKAGLLCGNDGLPHLISDPGLALRFNHAGEVFIPTFGFLYVAGYIGHVGRQYIIKSKEDAKPTDKEIILDVPLALQLAFQGWAWPLAAIQELRNGSLLEKDENITVSPR

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4614.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MKDFTTYLSTAPVVGLGWAIFTSGLLIEINRFFPDPLVFSF

Entity 12 polymer

描述 description	PSI-K
分子量 formula_weight	12429.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MALSSRVSAAPKALQASRVSAAPKVQQPRSRKAMVCKADAGFIGSPTNLIMVASTGACLFASRFGLAPSVRKVAQPLKLADREVIQTTGDPAGFTATDVLAMGAAGHAIGVGIVLGLKGIGQL

Entity 13 polymer

描述 description	TIDI1
分子量 formula_weight	38121.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MPPLRPSPKETALVAKPRTSILIKPFKITRLHAHEGASADSSPGPAPPKEQQEQPPKEQVAPPPAAAQAAAEPTQPQAASQAPPAPEPKKGSAFKGYVQQNFVQPGRTLQQQAGRKIYPGSDERALSYLTGSLPGDFGWDPLHLADTNDQDRLNNAMSMEWLSYAEVIHGRWAMLGAAGALSPEVLGKAGVIPKETGLTWFQAGGLDSSSNLIAVPFTGPIPFQYWTDQYTLLFTMLVAMGFAETRRWQEYKEPGSVQKQFFLGLEKLTPPSQQPAYPGGGFFNFAGLGAKDEKQMFELKVKEIRNGRLAMLAFLGFMVQAEVTHVGPFQNLLDHINSPGAQNLLSRLTN

Entity 14 polymer

描述 description	PSAL1
分子量 formula_weight	20694.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MMMLQKNAALQKSAVRSASKPAAFSRVPRGLTIRAANEDKRAQVIQPLNGDPFVGMLETPVTSAPIVANYLSNLPAYRTGVAPNLRGVEIGLAHGFLLAGPFIKLGPLRNVPGAAEVVGCMSAAGLVLILALCLSLYGNAAFQSTPSMGKKTLSGRPLAQDPLMSSEGWAKFAGGFTVGGLSGVAWAYVLTQVLPYYS

Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	11031.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MLAQKNVVAKPCVKAAKPVARPVKPVAMQKKQQAAAKVASAGIVGIASAAIAAAPVEAANIVANVASATEGYPFVPPAWAPSLFVPLTGLVLPAIGMAWAFTYIQKEK

Entity 16 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 17 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	185

Entity 18 non-polymer

描述 description	(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 19 non-polymer

描述 description	;(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 20 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	31

Entity 21 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 22 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 23 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 24 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 25 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 26 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 27 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 28 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 29 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 30 non-polymer

描述 description	;trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S})-1-oxidanyloctadecoxy]-3-[(1~{R})-1-oxidanyloctadecoxy]propoxy]butan-2-yl]azanium ;
分子量 formula_weight	773.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	217073

fit	/app/data/saxs_computation/mg/9mgz/9mgz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mg/9mgz/9mgz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mg/9mgz/9mgz.dat

Dunaliella tertiolecta PSI-LHCI-TIDI1 supercomplex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (30)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)