9mhq

G169V variant of Streptomyces coelicolor coproheme decarboxylase in complex with Monovinyl, Monopropionate Deuteroheme

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mhq
沉积日期 deposition_date	2024-12-12
结构标题 title	G169V variant of Streptomyces coelicolor coproheme decarboxylase in complex with Monovinyl, Monopropionate Deuteroheme
关键词 keywords	heme biosynthesis, oxidative decarboxylase, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.75 Å
零角强度 I(0) i0	281199000.00
分子量 molecular_weight	132870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	165650 Å³
包络体积 envelope_volume	197770 Å³
水化壳体积 shell_volume	51531 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.84 Å
包络 Rg envelope_rg	29.43 Å
形状 Rg shape_rg	29.72 Å
总 Rg total_rg	30.70 Å
总原子数 total_atoms	9393
残基数 n_residues	1104
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	281200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.3 Å
偏度 Skewness skewness	-0.055
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.636
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	217200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.977; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.837

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Coproheme decarboxylase
分子量 formula_weight	28214.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.98.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	9600

MSDDASTPAAERIPNKGKLAKDLNEVIRYTLWSVFKLKDTLPEDRAGYADEVQELFDQLAAKDVTIRGTYDLSGLRADADLMIWWHAETADQLQEAYNLFRRTKLGRALEPVWSNMALHRPAEFNRSHIPAFLADETPRNYISVYPFVRSYDWYLLPDEDRRRMLADHVKMARGYPDVRANTVASFSLGDYEWILAFEADELHRIVDLMRHLRGSEARRHVREEIPFYTGRRKDIGELVAGLA

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1902
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	harderoheme (III)
分子量 formula_weight	662.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	201

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	132.747 Å
晶胞边长 b length_b	132.747 Å
晶胞边长 c length_c	122.164 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	30

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.970 Å
最低分辨率 resolution_low	43.450 Å
R 因子 r_factor	0.1905
R_work r_work	0.1898
R_free r_free	0.2160

fit	/app/data/saxs_computation/mh/9mhq/9mhq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mh/9mhq/9mhq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mh/9mhq/9mhq.dat

G169V variant of Streptomyces coelicolor coproheme decarboxylase in complex with Monovinyl, Monopropionate Deuteroheme

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction