9mhr

G169L variant of Coproheme Decarboxylase from Streptomyces Coelicolor in complex with Monovinyl, Monopropionate Deuteroheme

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mhr
沉积日期 deposition_date	2024-12-12
结构标题 title	G169L variant of Coproheme Decarboxylase from Streptomyces Coelicolor in complex with Monovinyl, Monopropionate Deuteroheme
关键词 keywords	heme biosynthesis, oxidative decarboxylase, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.58 Å
零角强度 I(0) i0	266012000.00
分子量 molecular_weight	130110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	162640 Å³
包络体积 envelope_volume	194610 Å³
水化壳体积 shell_volume	50901 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.9 Å
壳层 Rg shell_rg	39.68 Å
包络 Rg envelope_rg	29.34 Å
形状 Rg shape_rg	29.55 Å
总 Rg total_rg	30.54 Å
总原子数 total_atoms	9204
残基数 n_residues	1083
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	266000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7029
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.048
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.621
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	170300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.951

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Coproheme decarboxylase
分子量 formula_weight	28228.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.98.5
突变 mutation	G169L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	10082

MSDDASTPAAERIPNKGKLAKDLNEVIRYTLWSVFKLKDTLPEDRAGYADEVQELFDQLAAKDVTIRGTYDLSGLRADADLMIWWHAETADQLQEAYNLFRRTKLGRALEPVWSNMALHRPAEFNRSHIPAFLADETPRNYISVYPFVRSYDWYLLPDEDRRRMLADHLKMARGYPDVRANTVASFSLGDYEWILAFEADELHRIVDLMRHLRGSEARRHVREEIPFYTGRRKDIGELVAGLA

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1902
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	harderoheme (III)
分子量 formula_weight	662.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	853

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.253 Å
晶胞边长 b length_b	77.184 Å
晶胞边长 c length_c	77.361 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	114.44 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	110.50 °
晶胞分子数 Z z_pdb	5

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	41.100 Å
R 因子 r_factor	0.1666
R_work r_work	0.1665
R_free r_free	0.1819

fit	/app/data/saxs_computation/mh/9mhr/9mhr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mh/9mhr/9mhr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mh/9mhr/9mhr.dat

G169L variant of Coproheme Decarboxylase from Streptomyces Coelicolor in complex with Monovinyl, Monopropionate Deuteroheme

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction