SAXSdb — 9mhs

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mhs
沉积日期 deposition_date	2024-12-12
最后修订 last_revision	2025-07-16
结构标题 title	Drimenol synthase
关键词 keywords	terpene synthase, phosphatase, isoprenoid, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.58 Å
零角强度 I(0) i0	169008000.00
分子量 molecular_weight	108680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137470 Å³
包络体积 envelope_volume	165250 Å³
水化壳体积 shell_volume	41450 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.21 Å
包络 Rg envelope_rg	32.26 Å
形状 Rg shape_rg	32.59 Å
总 Rg total_rg	33.12 Å
总原子数 total_atoms	7683
残基数 n_residues	982
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.1 Å
Rg (实空间) rg_real	33.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	169000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9110
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.126
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.663
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.950

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Drimenol Synthase
分子量 formula_weight	60892.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	7880

NQNNMKEVLTPELITSLQELSQILDRYDTIVFDLGDVLLHWDSVHFTSETKGIDDVRKMVKHPVWQDLEKGLINQEFALTALSCELETPCSKLKEMLELSIASLQVNPLMVEVLRVLHKKDKQIYCLSNVDLESFSYLYKQFDFWKYFDGIYVSALLQLRKPNPDIFQYLISSASINTKSTIFIDDKSENLQEAANFGISTLKYNKDNFEYTAIEGGWPIPLQNMTPEIHKKRTLGEDYLNLRLRKFPFCKSFVSNNVELIGGEDFSKEIFSTAVILHSYTSLPDDIIASMCHEILNHDGQNKLRWCFYKNEARPDNFPDDLDTTSMVLSFLLNHNKLTIEKIIPVAEQMIANRNEEGIIQVYFDDNRPRIDAIVAINVLYLMHQIGYGERKELKETEAFVFDFLISKEYLKGTRYYPAPDVFLFFLSRLVVDFPDQFEKFHKPLTEMLITRVNCSTFPLERALRIIALKKLGIVNRVDFLKLLDTQLADGGWPVYGLFIAPRSNTYFGSRELSTAFALEALHILS

来源 Source

来源生物 organism	Aquimarina spongiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	570521
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-benzyl-N,N-diethylethanaminium
分子量 formula_weight	192.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	197

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	179.902 Å
晶胞边长 b length_b	76.253 Å
晶胞边长 c length_c	106.429 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.230 Å
最低分辨率 resolution_low	34.230 Å
R 因子 r_factor	0.2071
R_work r_work	0.2058
R_free r_free	0.2495

fit	/app/data/saxs_computation/mh/9mhs/9mhs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mh/9mhs/9mhs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mh/9mhs/9mhs.dat

Drimenol synthase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction