9mhv

Monkey TLR7 ectodomain with small molecule agonist 9

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mhv
沉积日期 deposition_date	2024-12-12
最后修订 last_revision	2025-03-05
结构标题 title	Monkey TLR7 ectodomain with small molecule agonist 9
关键词 keywords	Toll-like receptor 7, agonist, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.01 Å
零角强度 I(0) i0	464896000.00
分子量 molecular_weight	180010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	226850 Å³
包络体积 envelope_volume	304120 Å³
水化壳体积 shell_volume	65138 Å³
包络直径 envelope_diameter	123.4 Å
壳层 Rg shell_rg	45.54 Å
包络 Rg envelope_rg	36.90 Å
形状 Rg shape_rg	38.02 Å
总 Rg total_rg	38.45 Å
总原子数 total_atoms	25145
残基数 n_residues	1536
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	465000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8727
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.198
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.302
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	116300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.819

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Toll-like receptor 7
分子量 formula_weight	94014.7 kDa
突变 mutation	N167Q, N389Q, N488Q, N799Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	25595

RSPWARWFPKTLPCDVTLDVSKNHVIVDCTDKHLTEIPGGIPTNTTNLTLTINHIPDISPASFHRLVHLVEIDFRCNCVPIRLGSKSNMCPRRLQIKPRSFSGLTYLKSLYLDGNQLLEIPQGLPPSLQLLSLEANNIFSIRKEQLTELANIEILYLGQNCYYRNPCYVSYSIEKDAFLNLTKLKVLSLKDNNVTTVPTVLPSTLTELYLYNNMIAEIQEDDFNNLNQLQILDLSGNCPRCYNAPFPCTPCKNNSPLQIPVNAFDALTELKVLRLHSNSLQHVPPRWFKNINNLQELDLSQNFLAKEIGDAKFLHFLPNLIQLDLSFNFELQVYRASMNLSQAFSSLKSLKILRIRGYVFKELKSFQLSPLHNLQNLEVLDLGTNFIKIANLSMFKQFKRLKVIDLSVNKISPSGDSSEVGFCSNARTSVESYEPQVLEQLYYFRYDKYARSCRFKNKEASFTSVQESCYKYGQTLDLSKNSIFFIKSSDFQHLSFLKCLNLSGNLISQTLNGSEFQPLAELRYLDFSNNRLDLLHSTAFEELRKLEVLDISSNSHYFQSEGITHMLNFTKNLKVLQKLMMNDNDISSSTSRTMESESLRTLEFRGNHLDVLWRDGDNRYLQLFKNLLKLEELDISKNSLSFLPSGVFDGMPPNLKNLSLAKNGLKSFIWEKLRYLKNLETLDLSHNQLTTVPERLSNCSRSLKNLILKNNQIRSLTKYFLQDAFQLRYLDLSSNKIQMIQKTSFPENVLNNLKMLLLHHNRFLCTCDAVWFVWWVQHTEVTIPYLATDVTCVGPGAHKGQSVISLDLYTCELDLTN

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	(3S)-3-[(2-amino-5-{[2-methoxy-5-({[(3S)-oxolan-3-yl]amino}methyl)phenyl]methyl}-5H-pyrimido[5,4-b]indol-4-yl)amino]hexan-1-ol
分子量 formula_weight	518.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	439

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.265 Å
晶胞边长 b length_b	139.436 Å
晶胞边长 c length_c	149.415 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	46.900 Å
R 因子 r_factor	0.2220
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/mh/9mhv/9mhv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mh/9mhv/9mhv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mh/9mhv/9mhv.dat