9mic

Crystal structure of the VRC01-class antibody 4D01, derived from GT1.1 vaccination, in complex with eOD-GT8

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mic
沉积日期 deposition_date	2024-12-12
结构标题 title	Crystal structure of the VRC01-class antibody 4D01, derived from GT1.1 vaccination, in complex with eOD-GT8
关键词 keywords	HIV-1, Germline-targeting vaccination, CD4bs mAb, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.23 Å
零角强度 I(0) i0	69382300.00
分子量 molecular_weight	64892.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80788 Å³
包络体积 envelope_volume	101600 Å³
水化壳体积 shell_volume	29961 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.7 Å
壳层 Rg shell_rg	35.21 Å
包络 Rg envelope_rg	30.11 Å
形状 Rg shape_rg	30.19 Å
总 Rg total_rg	30.80 Å
总原子数 total_atoms	4563
残基数 n_residues	590
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.7 Å
Rg (实空间) rg_real	30.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	69380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8474
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.523
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.335
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.765; Smooth: 0.915

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	4D01 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24021.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	4733

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKTSGYTFTDFYMHWMRQAPGQGLEWMGWINPTGGGVNYAHKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLTSDDTGVYYCARSPARELLPLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	4D01 Fab light chain
分子量 formula_weight	22631.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQVTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISNYLAWYQQKPGKVPKLLIYGASTLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQIYETFGQGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTQGTTSVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	eOD-GT8 engineered mutant of gp120
分子量 formula_weight	19889.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DTITLPCRPAPPPHCSSNITGLILTRQGGYSNANTVIFRPSGGDWRDIARCQIAGTVVSTQLFLNGSLAEEEVVIRSEDWRDNAKSICVQLATSVEIACTGAGHCAISRAKWANTLKQIASKLREQYGAKTIIFKPSSGGDPEFVNHSFNCGGEFFYCASTQLFASTWFASTGTGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	170

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.435 Å
晶胞边长 b length_b	71.291 Å
晶胞边长 c length_c	219.335 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.970 Å
最低分辨率 resolution_low	33.900 Å
R 因子 r_factor	0.2231
R_work r_work	0.2216
R_free r_free	0.2520

fit	/app/data/saxs_computation/mi/9mic/9mic.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mi/9mic/9mic.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mi/9mic/9mic.dat

Crystal structure of the VRC01-class antibody 4D01, derived from GT1.1 vaccination, in complex with eOD-GT8

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)