9mjp

Crystal structure of Neisseria meningitidis ClpP protease complex with boronate compound BC8a

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 110.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mjp
沉积日期 deposition_date	2024-12-16
结构标题 title	Crystal structure of Neisseria meningitidis ClpP protease complex with boronate compound BC8a
关键词 keywords	boronate, covalent, inhibitor, activator, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.43 Å
零角强度 I(0) i0	1130610000.00
分子量 molecular_weight	280400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	352430 Å³
包络体积 envelope_volume	500290 Å³
水化壳体积 shell_volume	94940 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.7 Å
壳层 Rg shell_rg	51.90 Å
包络 Rg envelope_rg	39.61 Å
形状 Rg shape_rg	42.45 Å
总 Rg total_rg	42.81 Å
总原子数 total_atoms	19665
残基数 n_residues	2459
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.2 Å
Rg (实空间) rg_real	43.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1310e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1131000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6362
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	67.3 Å
偏度 Skewness skewness	-0.257
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.589
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	403200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 0.995; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	24554.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N
原子数 atom_count	19946

HHHHHHENLYFQSNMSFDNYLVPTVIEQSGRGERAFDIYSRLLKERIVFLVGPVTDESANLVVAQLLFLESENPDKDIFFYINSPGGSVTAGMSIYDTMNFIKPDVSTLCLGQAASMGAFLLSAGEKGKRFALPNSRIMIHQPLISGGLGGQASDIEIHARELLKIKEKLNRLMAKHCDRDLADLERDTDRDNFMSAEEAKEYGLIDQILENRASLRL

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria meningitidis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	487
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[(1R)-1-borono-3-methylbutyl]-N~2~-(2-chloro-4-methoxybenzene-1-carbonyl)-L-leucinamide
分子量 formula_weight	412.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	281

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.122 Å
晶胞边长 b length_b	127.548 Å
晶胞边长 c length_c	119.387 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	28

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.990 Å
最低分辨率 resolution_low	48.680 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1951
R_free r_free	0.2336

fit	/app/data/saxs_computation/mj/9mjp/9mjp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mj/9mjp/9mjp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mj/9mjp/9mjp.dat

Crystal structure of Neisseria meningitidis ClpP protease complex with boronate compound BC8a

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction