SAXSdb — 9mkn

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mkn
沉积日期 deposition_date	2024-12-17
结构标题 title	Structure of the Respiratory Syncytial Virus Fusion Protein Bound to Human Antibodies RSV_2245 and RSV_3301
关键词 keywords	fusion protein, trimer, antibody, complex, ANTIVIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.64 Å
零角强度 I(0) i0	1296700000.00
分子量 molecular_weight	298970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	374380 Å³
包络体积 envelope_volume	511250 Å³
水化壳体积 shell_volume	90199 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.8 Å
壳层 Rg shell_rg	51.36 Å
包络 Rg envelope_rg	46.36 Å
形状 Rg shape_rg	46.65 Å
总 Rg total_rg	46.83 Å
总原子数 total_atoms	21012
残基数 n_residues	2718
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.1 Å
Rg (实空间) rg_real	46.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3670e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1297000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8742
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.148
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.346
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	148500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.894

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F2
分子量 formula_weight	7913.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	21012

NITEEFYQSTCSAVSKGYLSALRTGWYTSVITIELSNIKEIKCNGTDAKVKLIKQELDKYKNAVTELQLL

来源 Source

来源生物 organism	Respiratory syncytial virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12814
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F1
分子量 formula_weight	40693.5 kDa
突变 mutation	I379V, M447V variant
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

FLGFLLGVGSAIASGVAVSKVLHLEGEVNKIKSALLSTNKAVVSLSNGVSVLTSKVLDLKNYIDKQLLPIVNKQSCSIPNIETVIEFQQKNNRLLEITREFSVNAGVTTPVSTYMLTNSELLSLINDMPITNDQKKLMSNNVQIVRQQSYSIMSIIKEEVLAYVVQLPLYGVIDTPCWKLHTSPLCTTNTKEGSNICLTRTDRGWYCDNAGSVSFFPQAETCKVQSNRVFCDTMNSLTLPSEVNLCNVDIFNPKYDCKIMTSKTDVSSSVITSLGAIVSCYGKTKCTASNKNRGIIKTFSNGCDYVSNKGVDTVSVGNTLYYVNKQEGKSLYVKGEPIINFYDPLVFPSDEFDASISQVNEKINQSLAFI

来源 Source

来源生物 organism	Respiratory syncytial virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12814
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	2245 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	23915.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFSSFGVSWVRQAPGQGLEWLGWISAYNGNTDYAQKVQGRLTMTTDTSTNTAYMELRNLRSDDTAVYYCARDPPASAAAMFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	2245 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	24065.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,N

DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSLVYSDGDTYLSWFQQRPGQSPRRLIYKVSNRDSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQGTHWPPAFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	3301 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	24900.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,Q,S

QVQLVESGPTLVKPTQTLTLTCSFSGFSLSTRGVGVGWVRQPPGKALECLGFTYWDGDEYYSPSLRNRVTISKDTSKNQVVLTLTNMDPVDTATYFCVHSDLYDRGGYYLYYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	3301 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23461.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,R,T

DIRVTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQTIASYVNWYQQKPGRAPELLIYAASILQSGVPSRFSGRGSGTDFTLTINGLQPEDFATYYCQQSYSSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	140634

fit	/app/data/saxs_computation/mk/9mkn/9mkn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mk/9mkn/9mkn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mk/9mkn/9mkn.dat

Structure of the Respiratory Syncytial Virus Fusion Protein Bound to Human Antibodies RSV_2245 and RSV_3301

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)