SAXSdb — 9ml3

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ml3
沉积日期 deposition_date	2024-12-18
结构标题 title	B25M05 Fab bound to HPV16 L1 pentamer
关键词 keywords	HPV, antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.55 Å
零角强度 I(0) i0	964945000.00
分子量 molecular_weight	256490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	320780 Å³
包络体积 envelope_volume	415160 Å³
水化壳体积 shell_volume	80775 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.6 Å
壳层 Rg shell_rg	49.14 Å
包络 Rg envelope_rg	40.36 Å
形状 Rg shape_rg	40.56 Å
总 Rg total_rg	40.93 Å
总原子数 total_atoms	35624
残基数 n_residues	2292
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	965200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8882
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.141
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.412
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	189200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.851

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein L1
分子量 formula_weight	47534.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	35624

AVVSTDEYVARTNIYYHAGTSRLLAVGHPYFPIKKPNNNKILVPKVSGLQYRVFRIHLPDPNKFGFPDTSFYNPDTQRLVWACVGVEVGRGQPLGVGISGHPLLNKLDDTENASAYAANAGVDNRECISMDYKQTQLCLIGCKPPIGEHWGKGSPCTNVAVQPGDCPPLELINTVIQDGDMVDTGFGAMDFTTLQANKSEVPLDICTSICKYPDYIKMVSEPYGDSLFFYLRREQMFVRHLFNRAGTVGENVPDDLYIKGSGSTANLASSNYFPTPSGSMVTSDAQIFNKPYWLQRAQGHNNGICWGNQLFVTVVDTTRSTNMSLCAAISTSETTYKNTNFKEYLRHGEEYDLQFIFQLCKITLTADVMTYIHSMNSTILEDWNGGSGGEDPLKKYTFWEVNLKEKFSADLDQFPLGRKFLLQLGL

来源 Source

来源生物 organism	Human papillomavirus 16
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	333760
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	B25M05 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	25864.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQWGAGLLKPSETLSLTCAVNGGSFSIYYWSWIRQPPGKGLDWIGEINQSGSTNYNPSLKSRVTMSVDTSKSQFSLRMTSVTAADTAIYYCARAPRIRWGSYRLKQTNFDSWGQGTLVTVSSRSTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	B25M05 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	22902.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSNDVGDYDYVSWYQLHPGKAPKLLIFDVSRRPSGVSDRFSGSKSGDTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTGSSTYVFGTGTKVSVLSQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	83711

fit	/app/data/saxs_computation/ml/9ml3/9ml3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ml/9ml3/9ml3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ml/9ml3/9ml3.dat

B25M05 Fab bound to HPV16 L1 pentamer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)