9mlo

Drimenol Synthase - Farnesyl Thiol Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mlo
沉积日期 deposition_date	2024-12-19
最后修订 last_revision	2025-07-16
结构标题 title	Drimenol Synthase - Farnesyl Thiol Complex
关键词 keywords	terpene synthase, phosphatase, isoprenoid, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.53 Å
零角强度 I(0) i0	329383000.00
分子量 molecular_weight	100320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	98425 Å³
包络体积 envelope_volume	168250 Å³
水化壳体积 shell_volume	41975 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.49 Å
包络 Rg envelope_rg	32.38 Å
形状 Rg shape_rg	32.51 Å
总 Rg total_rg	33.02 Å
总原子数 total_atoms	7620
残基数 n_residues	988
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.8 Å
Rg (实空间) rg_real	33.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	329400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6874
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.141
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.623
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	49160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.049; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.953

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Haloacid dehalogenase superfamily, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED
分子量 formula_weight	60892.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	7714

NQNNMKEVLTPELITSLQELSQILDRYDTIVFDLGDVLLHWDSVHFTSETKGIDDVRKMVKHPVWQDLEKGLINQEFALTALSCELETPCSKLKEMLELSIASLQVNPLMVEVLRVLHKKDKQIYCLSNVDLESFSYLYKQFDFWKYFDGIYVSALLQLRKPNPDIFQYLISSASINTKSTIFIDDKSENLQEAANFGISTLKYNKDNFEYTAIEGGWPIPLQNMTPEIHKKRTLGEDYLNLRLRKFPFCKSFVSNNVELIGGEDFSKEIFSTAVILHSYTSLPDDIIASMCHEILNHDGQNKLRWCFYKNEARPDNFPDDLDTTSMVLSFLLNHNKLTIEKIIPVAEQMIANRNEEGIIQVYFDDNRPRIDAIVAINVLYLMHQIGYGERKELKETEAFVFDFLISKEYLKGTRYYPAPDVFLFFLSRLVVDFPDQFEKFHKPLTEMLITRVNCSTFPLERALRIIALKKLGIVNRVDFLKLLDTQLADGGWPVYGLFIAPRSNTYFGSRELSTAFALEALHILS

来源 Source

来源生物 organism	Aquimarina spongiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	570521
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-triene-1-thiol
分子量 formula_weight	238.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	154.741 Å
晶胞边长 b length_b	154.741 Å
晶胞边长 c length_c	132.979 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.640 Å
最低分辨率 resolution_low	34.600 Å
R 因子 r_factor	0.2186
R_work r_work	0.2166
R_free r_free	0.2650

fit	/app/data/saxs_computation/ml/9mlo/9mlo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ml/9mlo/9mlo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ml/9mlo/9mlo.dat