9mlp

Crystal structure of VgrS from Salmonella Typhimurium

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 169.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mlp
沉积日期 deposition_date	2024-12-19
结构标题 title	Crystal structure of VgrS from Salmonella Typhimurium
关键词 keywords	;Type Six Secretion, Salmonella Typhimurium, Bacteria antagonism, Spike protein, Protein Secretion, VgrG, T6SS, Toxin delivery, Bacterial pathogenicity, PROTEIN TRANSPORT ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.53 Å
零角强度 I(0) i0	690590000.00
分子量 molecular_weight	212020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	263160 Å³
包络体积 envelope_volume	372700 Å³
水化壳体积 shell_volume	68110 Å³
包络直径 envelope_diameter	179.6 Å
壳层 Rg shell_rg	47.63 Å
包络 Rg envelope_rg	50.12 Å
形状 Rg shape_rg	50.43 Å
总 Rg total_rg	50.74 Å
总原子数 total_atoms	29336
残基数 n_residues	1890
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	169.3 Å
Rg (实空间) rg_real	50.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3760e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	689800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7693
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.710
峰度 Kurtosis kurtosis	0.099
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.657; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.922; Smooth: 0.109

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytoplasmic protein
分子量 formula_weight	75001.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	29341

MGSSHHHHHHSSSDLEVLFQGPLGSQDAVSAIVSAVAGGPGAHNVTVSGSAVPPGALLFASLDGGETLSELFSYVVQLKTPDTLNLGYVSPAANLPLKPMVGKDLCVNIELDGGGKRHISGLVTAARVVGHEGRSVTYELRMEPWVKLLTHTSDYKAFQNKTVVDILDEVLAEYPYPVEKRLVESYPVRTWQVQYGETDFDFLQRLMQEWGIYWWFEHSEDSHTLVLADAISAHKACPDSPLVEWHQEGLKLDKEFIHTITANESLRTGQWVLDDFDFTKPRSLLANTVANPRETGHATYEHYEWPGDYFDKSEGEMLTRIRMEAQRSPGSRVLGGGNIRTLMTGYTFTLENYPTAEVNQEYLLMQTLLFVQDNAQHSGQDQHFTFSTRFELHPTREVFRPQRTVSKPHTKGPQSAIVTGPAGQEIWTDQYGRVKVQFGWDRYGKMDENSSCWIRVSYPWAGKGFGMIQIPRIGQEVLVDFKNGDPDLPIIVGRTYNQDTMPPWGLPGMASQSGIFSHSLYGGPTNGNMLRFDDKTGAEEVKFHAEKDLNTTVKNNETHTVMVDRTKTIIKNETNSIGEDRNTTVTKNDGLSVKLAQTINIGTTYRLDVGDQFTLRCGNAALVLHKDGSIEFCGKQLMLHTSDVMQLIGKGIDMNPDGGTAVTADDIAPLLTSE

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	99287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	121.147 Å
晶胞边长 b length_b	209.917 Å
晶胞边长 c length_c	470.971 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.760 Å
R 因子 r_factor	0.2327
R_work r_work	0.2317
R_free r_free	0.2523

fit	/app/data/saxs_computation/ml/9mlp/9mlp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ml/9mlp/9mlp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ml/9mlp/9mlp.dat

Crystal structure of VgrS from Salmonella Typhimurium

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction