9mmx

M6 protein with Factor H 6-7 domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 138.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mmx
沉积日期 deposition_date	2024-12-20
结构标题 title	M6 protein with Factor H 6-7 domain
关键词 keywords	complement evasion, Factor H, M protein, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.37 Å
零角强度 I(0) i0	63210500.00
分子量 molecular_weight	58052.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69749 Å³
包络体积 envelope_volume	120720 Å³
水化壳体积 shell_volume	23169 Å³
包络直径 envelope_diameter	215.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.80 Å
包络 Rg envelope_rg	53.54 Å
形状 Rg shape_rg	53.36 Å
总 Rg total_rg	52.90 Å
总原子数 total_atoms	4087
残基数 n_residues	557
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.2 Å
Rg (实空间) rg_real	47.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.7860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5888
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.892
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.5837
最高正则化参数 α highest_alpha	1564000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.009; Oscil: 0.792; Stabil: 0.965; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.398; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Complement factor H
分子量 formula_weight	14435.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4185

MGTLKPCDYPDIKHGGLYHENMRRPYFPVAVGKYYSYYCDEHFETPSGSYWDHIHCTQDGWSPAVPCLRKCYFPYLENGYNQNYGRKFVQGKSIDVACHPGYALPKAQTTVTCMENGWSPTPRCI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	M protein, serotype 6
分子量 formula_weight	9975.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F

GPGSNDKLTTENNNLTDQNKNLTTENKNLTDQNKNLTTENKNLTDQNKNLTTENKELKAEENRLTTENKGLTKKLSEAEEEAANKERE

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes JRS4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1150773
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	98

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	33.483 Å
晶胞边长 b length_b	69.546 Å
晶胞边长 c length_c	293.933 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	44.900 Å
R 因子 r_factor	0.2624
R_work r_work	0.2603
R_free r_free	0.3021

fit	/app/data/saxs_computation/mm/9mmx/9mmx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mm/9mmx/9mmx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mm/9mmx/9mmx.dat

M6 protein with Factor H 6-7 domain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)