SAXSdb — 9mn1

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mn1
沉积日期 deposition_date	2024-12-20
结构标题 title	E. coli SR1 single-ring GroEL oligomer
关键词 keywords	Chaperone Inhibitor, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	69.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	69.32 Å
零角强度 I(0) i0	10318200000.00
分子量 molecular_weight	851840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1065200 Å³
包络体积 envelope_volume	1846600 Å³
水化壳体积 shell_volume	215150 Å³
包络直径 envelope_diameter	212.5 Å
壳层 Rg shell_rg	78.18 Å
包络 Rg envelope_rg	65.64 Å
形状 Rg shape_rg	69.36 Å
总 Rg total_rg	69.32 Å
总原子数 total_atoms	59500
残基数 n_residues	8015
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	199.7 Å
Rg (实空间) rg_real	69.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0320e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7430e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	70.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10340000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8259
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	95.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.149
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.237
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0044
最高正则化参数 α highest_alpha	3020000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.120

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	60 kDa chaperonin
分子量 formula_weight	57391.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N
原子数 atom_count	59500

MAAKDVKFGNDARVKMLRGVNVLADAVKVTLGPKGRNVVLDKSFGAPTITKDGVSVAREIELEDKFENMGAQMVKEVASKANDAAGDGTTTATVLAQAIITEGLKAVAAGMNPMDLKRGIDKAVTAAVEELKALSVPCSDSKAIAQVGTISANSDETVGKLIAEAMDKVGKEGVITVEDGTGLQDELDVVEGMQFDRGYLSPYFINKPETGAVELESPFILLADKKISNIREMLPVLEAVAKAGKPLLIIAEDVEGEALATLVVNTMRGIVKVAAVKAPGFGDRRKAMLQDIATLTGGTVISEEIGMELEKATLEDLGQAKRVVINKDTTTIIDGVGEEAAIQGRVAQIRQQIEEATSDYDREKLQERVAKLAGGVAVIKVGAATEVEMKEKKARVEDALHATRAAVEEGVVAGGGVALIRVASKLADLRGQNEDQNVGIKVALRAMEAPLRQIVLNCGEEPSVVANTVKGGDGNYGYNAATEEYGNMIDMGILDPTKVTRSALQYAASVAGLMITTECMVTDLPKNDAADLGAAGGMGGMGGMGGMM

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	10 kDa chaperonin
分子量 formula_weight	10400.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,P,Q,R,S,T,U

MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLTGSAAAKSTRGEVLAVGNGRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	2.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	171909

fit	/app/data/saxs_computation/mn/9mn1/9mn1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mn/9mn1/9mn1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mn/9mn1/9mn1.dat

E. coli SR1 single-ring GroEL oligomer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)