SAXSdb — 9mnb

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mnb
沉积日期 deposition_date	2024-12-20
结构标题 title	Beta1-tryptase monomer bound to inhibitory Fabs E82.AS and E104.v2
关键词 keywords	Serine Protease, Inhibitory Antibodies, IMMUNE SYSTEM, IMMUNE SYSTEM-Hydrolase complex; IMMUNE SYSTEM/Hydrolase
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.55 Å
零角强度 I(0) i0	234201000.00
分子量 molecular_weight	124960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	155570 Å³
包络体积 envelope_volume	239540 Å³
水化壳体积 shell_volume	39979 Å³
包络直径 envelope_diameter	190.4 Å
壳层 Rg shell_rg	48.29 Å
包络 Rg envelope_rg	55.80 Å
形状 Rg shape_rg	55.55 Å
总 Rg total_rg	55.27 Å
总原子数 total_atoms	8810
残基数 n_residues	1150
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	205.5 Å
Rg (实空间) rg_real	55.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	233600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6595
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.549
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.650
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9499000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.204; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.134; Smooth: 0.824

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Light chain of E104.v2 Fab
分子量 formula_weight	23498.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	8815

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQSIKSVYNNRLGWYQQKPGKAPKLLIYETSILTSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCAGGFDRSGDTTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Tryptase alpha/beta-1
分子量 formula_weight	27476.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.59
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

IVGGQEAPRSKWPWQVSLRVHGPYWMHFCGGSLIHPQWVLTAAHCVGPDVKDLAALRVQLREQHLYYQDQLLPVSRIIVHPQFYTAQIGADIALLELEEPVNVSSHVHTVTLPPASETFPPGMPCWVTGWGDVDNDERLPPPFPLKQVKVPIMENHICDAKYHLGAYTGDDVRIVRDDMLCAGNTRRDSCQGDSGGPLVCKVNGTWLQAGVVSWGEGCAQPNRPGIYTRVTYYLDWIHHYVPKKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Heavy chain of E104v2 Fab
分子量 formula_weight	23209.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

VQLVESGPGLVKPSETLSLTCTVSRFSLIGYAITWIRQPPGKGLEWIGGISSAATTFYSSWAKSRVTISRDTSKNQVSLKLSSVTAADTAVYYCARDPRGYGAALDRLDLWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Light chain of E82.AS Fab
分子量 formula_weight	23648.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

DIVMTQTPASVSEPVGGTVTIKCQASQSIVSNYLNWYQQKPGQPPKLLIYQASKLASGVPSRFKGSGSGTEYTLTISDLEAADAATYYCQSTDDSSVTAIYDITFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHAGLSSPVTKSFNGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Heavy chain of E82.AS Fab
分子量 formula_weight	22934.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

SVEESRGGLIKPTDTLTLTCTVSGFSLSSYDMNWVRQAPGKELEWIGYISYGGSTNYASWAKRRATITRNTNENTVTLKVTSLTAADTATYFCARFDYPTATLDIWGPGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	Anti-human kappa light chain VHH
分子量 formula_weight	10230.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	672348

fit	/app/data/saxs_computation/mn/9mnb/9mnb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mn/9mnb/9mnb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mn/9mnb/9mnb.dat

Beta1-tryptase monomer bound to inhibitory Fabs E82.AS and E104.v2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)