9mns

Structure of Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 core from genotype 6a bound to broadly neutralizing antibody RM1-36

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 145.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mns
沉积日期 deposition_date	2024-12-23
最后修订 last_revision	2026-01-14
结构标题 title	Structure of Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 core from genotype 6a bound to broadly neutralizing antibody RM1-36
关键词 keywords	immune system, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.18 Å
零角强度 I(0) i0	258005000.00
分子量 molecular_weight	129940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	162080 Å³
包络体积 envelope_volume	234330 Å³
水化壳体积 shell_volume	47875 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.0 Å
壳层 Rg shell_rg	45.45 Å
包络 Rg envelope_rg	41.37 Å
形状 Rg shape_rg	42.15 Å
总 Rg total_rg	42.46 Å
总原子数 total_atoms	9140
残基数 n_residues	1161
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.9 Å
Rg (实空间) rg_real	42.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	258000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8727
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	142.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.282
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.771

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	RM1-36 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23767.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h
原子数 atom_count	9140

VQLVQSGAEVKKPGASVKLSCKASGFTFSIYAICWVRQAPGQGLEWMGEIIPRVGLTTYAQKFQGRVTITADTSTTTVYMELSSLRSEDTAVYYCVRGPRYSEYSYRASWFDVWGPGVLVTVSSASTKGPSVFPLAPSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	RM1-36 Fab light chain
分子量 formula_weight	23085.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSYLAWYQQKPGKAPKPLIYYASNLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCQQYNSDPYSFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTQGTTSVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein E2
分子量 formula_weight	25681.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B

HINRTALNCNDSLQTGFITSLFYAKNVDSSGCPERMAACKPLADFRQGWGQITYKVNISGPSDDRPYCWHYAPRPCDVVSARTVCGPVYCFTPSPVVVGTTDKLGIPTYNWGENETDVFMLESLRPPTGGWFGCTWMNSTGFTKTCGAPPCQIVPGDYNSSANELLCPTDCFRKHPEATPTDGGSGPWITPRCLVDYPYRLWHYPCTVNFTLHKVRMFVGGIEHRFDAACN

来源 Source

来源生物 organism	Recombinant Hepatitis C virus HK6a/JFH-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	595609
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.751 Å
晶胞边长 b length_b	223.545 Å
晶胞边长 c length_c	73.296 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	44.870 Å
R 因子 r_factor	0.2332
R_work r_work	0.2324
R_free r_free	0.2496

fit	/app/data/saxs_computation/mn/9mns/9mns.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mn/9mns/9mns.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mn/9mns/9mns.dat

Structure of Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 core from genotype 6a bound to broadly neutralizing antibody RM1-36

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)