9mod

Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-free tilted state (upper strand)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 286.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mod
沉积日期 deposition_date	2024-12-25
结构标题 title	Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-free tilted state (upper strand)
关键词 keywords	thin filament, cryo-EM, troponin, tropomyosin, muscle structure, motor protein; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	109.70 Å
零角强度 I(0) i0	2460300000.00
分子量 molecular_weight	411180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	511650 Å³
包络体积 envelope_volume	868400 Å³
水化壳体积 shell_volume	85556 Å³
包络直径 envelope_diameter	402.1 Å
壳层 Rg shell_rg	58.76 Å
包络 Rg envelope_rg	112.00 Å
形状 Rg shape_rg	109.70 Å
总 Rg total_rg	109.00 Å
总原子数 total_atoms	28813
残基数 n_residues	3619
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	286.1 Å
Rg (实空间) rg_real	96.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3410e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	88.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2339000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8281
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.409
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.869
角度范围 angular_range	— – 0.0700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.6048
最高正则化参数 α highest_alpha	40520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	15
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.015; Oscil: 0.691; Stabil: 0.976; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.777; Smooth: 0.003

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin, alpha cardiac muscle 1
分子量 formula_weight	42064.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	28813

MCDDEETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDEAGPSIVHRKCF

Entity 2 polymer

描述 description	Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
分子量 formula_weight	18437.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MDDIYKAAVEQLTEEQKNEFKAAFDIFVLGAEDGCISTKELGKVMRMLGQNPTPEELQEMIDEVDEDGSGTVDFDEFLVMMVRCMKDDSKGKSEEELSDLFRMFDKNADGYIDLDELKMMLQATGETITEDDIEELMKDGDKNNDGRIDYDEFLEFMKGVE

Entity 3 polymer

描述 description	Troponin I, cardiac muscle
分子量 formula_weight	24308.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MADESSDAAGEPQPAPAPVRRRSSANYRAYATEPHAKKKSKISASRKLQLKTLMLQIAKQEMEREAEERRGEKGRVLRTRCQPLELDGLGFEELQDLCRQLHARVDKVDEERYDVEAKVTKNITEIADLTQKIYDLRGKFKRPTLRRVRISADAMMQALLGTRAKESLDLRAHLKQVKKEDIEKENREVGDWRKNIDALSGMEGRKKKFEG

Entity 4 polymer

描述 description	Isoform 6 of Troponin T, cardiac muscle
分子量 formula_weight	34660.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K

MSDIEEVVEEYEEEEQEEAAVEEQEEAAEEDAEAEAETEETRAEEDEEEEEAKEAEDGPMEESKPKPRSFMPNLVPPKNPDGERVDFDDIHRKRMEKDLNELQALIEAHFENRKKEEEELVSLKDRIERRRAERAEQQRIRNEREKERQNRLAEERARREEEENRRKAEDEARKKKALSNMMHFGGYIQKQAQTERKSGKRQTEREKKKKILAERRKVLAIDHLNEDQLREKAKELWQSIYNLEAEKFDLQEKFKQQKYEINVLRNRINDNQKVSKTRGKAKVTGRWK

Entity 5 polymer

描述 description	Tropomyosin alpha-1 chain
分子量 formula_weight	32735.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,N,O

MDAIKKKMQMLKLDKENALDRAEQAEADKKAAEDRSKQLEDELVSLQKKLKGTEDELDKYSEALKDAQEKLELAEKKATDAEADVASLNRRIQLVEEELDRAQERLATALQKLEEAEKAADESERGMKVIESRAQKDEEKMEIQEIQLKEAKHIAEDADRKYEEVARKLVIIESDLERAEERAELSEGKCAELEEELKTVTNNLKSLEAQAEKYSQKEDKYEEEIKVLSDKLKEAETRAEFAERSVTKLEKSIDDLEDELYAQKLKYKAISEELDHALNDMTSI

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	5.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	48557

fit	/app/data/saxs_computation/mo/9mod/9mod.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mo/9mod/9mod.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mo/9mod/9mod.dat

Structure of native murine cardiac thin filament variant I79N in troponin T at pCa=5.8 in Ca2+-free tilted state (upper strand)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)