9moz

Crystal structure of mithramycin analogue MTM SA-5-methyl-Trp in complex with DNA AGAGGCCTCT

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9moz
沉积日期 deposition_date	2024-12-28
结构标题 title	Crystal structure of mithramycin analogue MTM SA-5-methyl-Trp in complex with DNA AGAGGCCTCT
关键词 keywords	DNA-drug complex, transcription, minor groove, natural product, DNA; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.53 Å
零角强度 I(0) i0	36140300.00
分子量 molecular_weight	26328.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22377 Å³
包络体积 envelope_volume	42246 Å³
水化壳体积 shell_volume	16278 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.51 Å
包络 Rg envelope_rg	23.06 Å
形状 Rg shape_rg	23.44 Å
总 Rg total_rg	24.03 Å
总原子数 total_atoms	1774
残基数 n_residues	60
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.4 Å
Rg (实空间) rg_real	24.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8367
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.389
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.654
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1986000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.562; Smooth: 0.995

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPAPGPGPCPCPTPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3045.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,B,D,E,G,H
原子数 atom_count	1864

AGAGGCCTCT

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	27

Entity 3 non-polymer

描述 description	;methyl (2S)-2-({(2S)-2-[(2R,3S)-3-{[(2S,4R,5R,6R)-4-{[(2S,4R,5S,6R)-4-{[(2S,4S,5R,6R)-4,5-dihydroxy-4,6-dimethyloxan-2-yl]oxy}-5-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-5-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-7-{[(2S,4R,5R,6R)-4-{[(2S,4R,5S,6R)-4,5-dihydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-5-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy}-5,10-dihydroxy-6-methyl-4-oxo-1,2,3,4-tetrahydroanthracen-2-yl]-2-methoxyacetyl}amino)-3-(5-methyl-1H-indol-3-yl)propanoate (non-preferred name) ;
分子量 formula_weight	1241.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	90

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.471 Å
晶胞边长 b length_b	93.471 Å
晶胞边长 c length_c	65.405 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.230 Å
最低分辨率 resolution_low	40.470 Å
R 因子 r_factor	0.2287
R_work r_work	0.2275
R_free r_free	0.2494

fit	/app/data/saxs_computation/mo/9moz/9moz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mo/9moz/9moz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mo/9moz/9moz.dat

Crystal structure of mithramycin analogue MTM SA-5-methyl-Trp in complex with DNA AGAGGCCTCT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)