SAXSdb — 9mpz

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mpz
沉积日期 deposition_date	2025-01-01
结构标题 title	Complex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12
关键词 keywords	Foot-and-mouth disease virus Asia1, Sus scrofa, VIRUS/IMMUNE SYSTEM, VIRUS, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.67 Å
零角强度 I(0) i0	149620000.00
分子量 molecular_weight	96985.0 kDa
排除体积 excluded_volume	121190 Å³
包络体积 envelope_volume	155740 Å³
水化壳体积 shell_volume	41683 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.08 Å
包络 Rg envelope_rg	31.08 Å
形状 Rg shape_rg	30.64 Å
总 Rg total_rg	31.41 Å
总原子数 total_atoms	6834
残基数 n_residues	886
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	149600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8531
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.276
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.360
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.707; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	23471.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6834

TTTTGESADPVTTTVENYGGETQTARRLHTDVAFVLDRFVKLTQPKSTQTLDLMQIPSHTLVGALLRSATYYFSDLEVALVHTGPVTWVPNGAPKTALNNHTNPTAYQKQPITRLALPYTAPHRVLSTVYNGKTTYGEESSRRGDLAALARRVNNRLPTSFNYGAVKADTITELLIRMKRAETYCPRPLLALDTTQDRRKQKIIAPEKQTL

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus Asia 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	110195
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	24471.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DKKTEETTLLEDRILTTRNGHTTSTTQSSVGVTYGYAVAEDAVSGPNTSGLETRVTQAERFFKKHLFDWTPDLSFGHCHYLELPSEHKGVFGSLMSSYAYMRNGWDIEVTAVGNQFNGGCLLVALVPELKELDTRQKYQLTLFPHQFINPRTNMTAHINVPYVGVNRYDQYELHKPWTLVVMVVAPLTVKTGGSEQIKVYMNAAPTYVHVAGELPSKE

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus Asia 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	110195
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	23845.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GIVPVACVDGYGNMVTTDPKTADPVYGKVSNPPRTSFPGRFTNFLDVAEACPTFLRFGEVPFVKTVNSGDRLLAKFDVSLAAGHMSNTYLAGLAQYYTQYSGTMNIHFMFTGPTDAKARYMVAYIPPGMTPPTDPERAAHCIHSEWDTGLNSKFTFSIPYLSAADYAYTASDVAETTSVQGWVCIYQITHGKAEGDALVVSVSAGKDFEFRLPVDARQQ

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus Asia 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	110195
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein VP4
分子量 formula_weight	8789.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GAGQSSPATGSQNQSGNTGSIINNYYMQQYQNSMDTQLGDNAISGGSNEGSTDTTSTHTNNTQNNDWFSRLASSAFGGLFGALLA

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus Asia 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	110195
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

Entity 5 polymer

描述 description	PAS12 Fv Heavy chain
分子量 formula_weight	13321.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EEKLVESGGGLVQPGGSLRLSCVGSGFTFGGTYINWVRQIPGKGLEWLATISISGGVTYYGDSVKGRFTVSSDVSQNTAYLQMNSLRTEDTARYYCARGLSVGYCYEGCRMNLWGPGVEVVVSS

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	PAS12 Fv Light chain
分子量 formula_weight	13436.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QTVIQEPAMSVSPGGTVTLTCAFRSGSVTIMNYPSWFQQTPGQPPRQLIYSTKNRPTGVPSRFSGAISENKAALTITGAQAEDEADYFCGLYKGSNNIFGGGTHLTVLDYKDDDDKGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.140 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.14 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17484

fit	/app/data/saxs_computation/mp/9mpz/9mpz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mp/9mpz/9mpz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mp/9mpz/9mpz.dat

Complex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)