9mqs

CryoEM Structure of the Candida albicans Group I Intron-GMP Complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 100.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mqs
沉积日期 deposition_date	2025-01-06
结构标题 title	CryoEM Structure of the Candida albicans Group I Intron-GMP Complex
关键词 keywords	Intron, Group I, Splicing, RNA; RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.40 Å
零角强度 I(0) i0	290016000.00
分子量 molecular_weight	79101.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73999 Å³
包络体积 envelope_volume	116880 Å³
水化壳体积 shell_volume	33648 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.82 Å
包络 Rg envelope_rg	29.98 Å
形状 Rg shape_rg	30.36 Å
总 Rg total_rg	30.73 Å
总原子数 total_atoms	5206
残基数 n_residues	243
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.7 Å
Rg (实空间) rg_real	30.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	290000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8911
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.310
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.336
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6904000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.895

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	RNA (332-MER)
分子量 formula_weight	106727.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5207

CGCUAGGGAUAAACUGUUUGUCCCUUUAUAUAGAGAUAUAUAGAAUAACAAUCGGGUGAAUUGCAAGAAUACCACCCACCUCCUUUGGAGGUGGGUGACAAUUUGCAGCGAAGUAUAUAUUAGCUUAAUAAUAAAAUAUUAUUUAGAUAUAUAAACGUUCAACGACUAGAAGGUGAGUAAGCUAACAAUAACCCUUCCACGAGCGCCCGACAUCUUAAUGAACCAACAAUUACAAUUAAUUAAAGGUCAUUAUGAUGAUGACAUAGUCUGAACUAAAUAGUGAUAUUUAGAUAUAAUAUUUAAAUGAUAUUAUGAUAACAAAAUUGAACAGG

来源 Source

来源生物 organism	Candida albicans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5476
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	363.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	389832

fit	/app/data/saxs_computation/mq/9mqs/9mqs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mq/9mqs/9mqs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mq/9mqs/9mqs.dat