9mr6

X-ray crystal structure of SAMHD1 from Rhizophagus irregularis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mr6
沉积日期 deposition_date	2025-01-07
结构标题 title	X-ray crystal structure of SAMHD1 from Rhizophagus irregularis
关键词 keywords	dNTPase, hydrolase, metalloenzyme, antiviral, innate immunity, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.65 Å
零角强度 I(0) i0	661931000.00
分子量 molecular_weight	212080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	266320 Å³
包络体积 envelope_volume	332870 Å³
水化壳体积 shell_volume	72248 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.9 Å
壳层 Rg shell_rg	45.59 Å
包络 Rg envelope_rg	35.64 Å
形状 Rg shape_rg	35.62 Å
总 Rg total_rg	36.34 Å
总原子数 total_atoms	14915
残基数 n_residues	1761
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0210e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	662000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8939
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.116
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.477
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	282100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.931

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	HD domain-containing protein
分子量 formula_weight	57149.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	15052

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMAENGYTKKPKSKRIQDPIHGLMEFDNWIVKFIDTEHFQRLRSIKQLGTTYYVYPGASHNRFEHCLGVAYLAHSLVKRIRETQHDLGCSDKDLKCVTLAALCHDLGHGPFSHLFEVFIKMRRPDRKWTHEEASIMMFDDLLKEHKEIAYDLDDEDKLFIKDLITGKKPEDTGNRSPYLFDVVANKRNSIDVDKFDYLARDCYYLGMKSVFDFSRLMNYSRVSDDQITYDFKESYNIYELFHTRYSLHKKAYNHRVGKAIDYMILDALIAADPVLEISKSIDKPSEYLKMDDTILNRIEYSDSDDPDLKKSKEIIRRIRKRDLYKFVDEFLVPKDLKGKFEKDKITKIITDQLEHDGLKKEYVIVDILILNYGKKEENPIDNVKFYDKNQPNLKVFKLESSQVSYLVPELFEELNIRIFTRNRDKIKQIRKCFKESLTKFFGIPEPKTYYTRITNNLVESQDKY

来源 Source

来源生物 organism	Rhizophagus irregularis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	588596
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	137

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.359 Å
晶胞边长 b length_b	85.420 Å
晶胞边长 c length_c	87.035 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	104.58 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.65 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	99.51 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.270 Å
最低分辨率 resolution_low	41.500 Å
R 因子 r_factor	0.2233
R_work r_work	0.2203
R_free r_free	0.2800

fit	/app/data/saxs_computation/mr/9mr6/9mr6.fit
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