9msd

G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20A3 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 154.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9msd
沉积日期 deposition_date	2025-01-09
结构标题 title	G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20A3 Fab
关键词 keywords	G002, clinical trial, HIV-1, VRC01, human antibody, vaccine, Env, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.43 Å
零角强度 I(0) i0	1783740000.00
分子量 molecular_weight	346080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	430360 Å³
包络体积 envelope_volume	621320 Å³
水化壳体积 shell_volume	100820 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.3 Å
壳层 Rg shell_rg	55.90 Å
包络 Rg envelope_rg	48.97 Å
形状 Rg shape_rg	50.43 Å
总 Rg total_rg	50.61 Å
总原子数 total_atoms	24285
残基数 n_residues	3036
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.3 Å
Rg (实空间) rg_real	50.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7840e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1785000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8756
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.096
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	95020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.512

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	001428_T278M_L14 SOSIP gp140
分子量 formula_weight	72345.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,B
原子数 atom_count	24285

ETGVENLWVTVYYGVPVWKEARTTLFCASDAKAYETEVHNVWATHACVPTDPNPQEMVLGNVTENFNMWKNDMVDQMHEDVISLWAQSLKPCVKLTPLCVTLECTQVNATQGNTTQVNVTQVNGDEMKNCSFNTTTEIRDKKQKAYALFYRLDLVPLERENRGDSNSASKYILINCNTSAITQACPKVNFDPIPIHYCTPAGYAILKCNNKTFNGTGSCNNVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEIIIRSENLMDNVKTIIVHLDQSVEIVCTRPNNNTVKSIRIGPGQTFYYTGDIIGNIREAHCNISEKKWHEMLRRVSEKLAEHFPNKTIKFTSSSGGDLEITTHSFNCRGEFFYCNTSGLFNSTYMPNGTYMPNGTNNSNSTIILPCRIKQIINMWQEVGRAMYAPPIAGNITCNSNITGLLLVRDGGKNNNTEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVEIKPLGVAPTRCKRRVVGSHSGSGGSGSGGHAAVGLGAVSLGFLGAAGSTMGAASITLTVQARQLLSGIVQQQSNLLQAPEPQQHLLQDTHWGIKQLQTRVLAIEHYLKDQQLLGIWGCSGKLICCTAVPWNSSWSNKSLTDIWDNMTWMQWDREVSNYTGIIYRLLEDSQNQQERNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	G002-293-0536 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24206.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,N

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFTDYYIHWVRQAPGQGLEWMGWINPRFGGVNYAQKFQGRVTMTRDTSIRTAHMELSRLISDDTAFYYCARGRFADSVWNLLFWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	G002-293-0536 Fab light chain
分子量 formula_weight	22943.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,O

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQGISNYLNWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTFTISGLQPEDIATYYCQKYEFFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	RM20A3 Fab light chain
分子量 formula_weight	22827.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,K

ALTQPPSVSGSPGQSVTISCTGTSSDIGSYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVTQRPSGVSDRFSGSKSGNTASLTISGLQADDEADYYCSAYAGRQTFYIFGGGTRLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	RM20A3 Rab heavy chain
分子量 formula_weight	24079.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E,J

EVQLVETGGGLVQPGGSLKLSCRASGYTFSSFAMSWVRQAPGKGLEWVSLINDRGGLTFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLSLQMHSLRDGDTAVYYCATGGMSSALQSSKYYFDFWGQGALVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	27

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	47344

fit	/app/data/saxs_computation/ms/9msd/9msd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ms/9msd/9msd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ms/9msd/9msd.dat

G002-293-0536 Fab in complex with 001428_T278M_L14 SOSIP and RM20A3 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 branched

Entity 7 branched

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)