9msy

G002-480-0546 Fab in complex with V703-0537_T278M_L14 SOSIP and BG18 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 166.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9msy
沉积日期 deposition_date	2025-01-10
结构标题 title	G002-480-0546 Fab in complex with V703-0537_T278M_L14 SOSIP and BG18 Fab
关键词 keywords	G002, clinical trial, HIV-1, VRC01, human antibody, vaccine, Env, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.54 Å
零角强度 I(0) i0	1771960000.00
分子量 molecular_weight	346530.0 kDa
排除体积 excluded_volume	431580 Å³
包络体积 envelope_volume	633840 Å³
水化壳体积 shell_volume	101700 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.0 Å
壳层 Rg shell_rg	55.82 Å
包络 Rg envelope_rg	50.55 Å
形状 Rg shape_rg	51.55 Å
总 Rg total_rg	51.67 Å
总原子数 total_atoms	24315
残基数 n_residues	2856
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.6 Å
Rg (实空间) rg_real	51.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1773000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8868
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.121
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.483
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	83790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.875

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	V703-0537_T278M_L14 SOSIP
分子量 formula_weight	72756.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	24315

ETGAEDLWVTVYYGVPVWRDAITTLFCASDAKAYEKEVHNVWATHACVPTDPNPQEMVLENVTENFNMWKNNMVDQMHEDIISLWDQSLKPCVQLTPLCVTLNCTDVVGNNTATRRNNTATRRNNTATINDTDTGIKNCSFNITTEVRDKKKKVHALFYRLDIVPIDGKNSNSTEYILINCNTSVITQICPKVSFDPIPIHYCAPAGYAILKCNNKTFNGTGPCNNVSTIQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEDIIISSENMMDNTKTIIVHFNESVGIECTRPNNNTVESIRIGPGQTFYVTGEIIGDIRQAHCNISKGNWSKTLQRVKEKLKKYYHNKTIKFEPSSGGDLEITTHSFNCRGEFFYCYTSGLFNESIVNGTNGTITLPCRIKQIVNMWQKVGRAMYAPPIAGNITCSSNITGLLLTRDGGRGTNGTETFRPAGGNMKDNWRSELYKYKVVEIKPLGIAPTKCRRRVVGSHSGSGGSGSGGHAAVLGTAILGFLGAAGSTMGAASNALFVQTRQLLSGFVQQQSNLPKAPKAQQQLLQLGVWGIKQLQTRVLAIERYLEVQQFLGLWGCSGKAICCTAVPWNTTWSNKSEQEIWNNMTWMQWDREVGNYTDTIYKLLFVAQFQQEINEVDLLALNGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	BG18 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25043.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,J,O

QVQLRESGPGLVKPSETLSLSCTVSNDSRPSDHSWTWVRQSPGKALEWIGDIHYNGATTYNPSLRSRVRIELDQSIPRFSLKMTSMTAADTGMYYCARNAIRIYGVVALGEWFHYGMDVWGQGTAVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	BG18 Fab light chain
分子量 formula_weight	22937.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,M,Q

SSELTQPPSVSVSPGQTARITCSGAPLTSRFTYWYRQKPGQAPVLIISRSSQRSSGWSGRFSASWSGTTVTLTIRGVQADDEADYYCQSSDTSDSYKMFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	G002-480-0546 Fab light chain
分子量 formula_weight	22957.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,N,R

EIVLTQSPGTLSLSPGEGATLSCRTSQSLSSSSLAWYQQKPGLAPRLLIYGASIRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYEFFGAGTRVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	G002-480-0546 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24541.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,K,P

QVQLVQSGAELKKPGASVKVSCKASGYTFTDSYMHWVRQAPGQGLEWMGWINPNYGATNYAHKFQGRVTMTRDTSITTAYMELNRLRSDDTAVYYCARGNFLRVDYTWDFQHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

Entity 7 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	51495

fit	/app/data/saxs_computation/ms/9msy/9msy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ms/9msy/9msy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ms/9msy/9msy.dat

G002-480-0546 Fab in complex with V703-0537_T278M_L14 SOSIP and BG18 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 branched

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 branched

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)