9mtd

[1T7-12] 3D DNA Double Crossover Motif with an Even Number of Half Turns between Junctions

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 58.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mtd
沉积日期 deposition_date	2025-01-11
最后修订 last_revision	2026-01-14
结构标题 title	[1T7-12] 3D DNA Double Crossover Motif with an Even Number of Half Turns between Junctions
关键词 keywords	Double crossover, DNA nanotechnology, DAE, DNA; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.24 Å
零角强度 I(0) i0	10557000.00
分子量 molecular_weight	14755.0 kDa
排除体积 excluded_volume	14280 Å³
包络体积 envelope_volume	21874 Å³
水化壳体积 shell_volume	11650 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.6 Å
壳层 Rg shell_rg	21.51 Å
包络 Rg envelope_rg	16.71 Å
形状 Rg shape_rg	17.14 Å
总 Rg total_rg	17.92 Å
总原子数 total_atoms	977
残基数 n_residues	47
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.3 Å
Rg (实空间) rg_real	17.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10560000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9004
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.154
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.522
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	631000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPTPAPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2755.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	984

TGTACGGAC

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPGPTPAPCPAPCPCPGPTPAPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	4209.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CCGTACACCGTACA

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPCPCPGPTPAPCPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3070.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GACCGTACGG

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPGPT)-3') ;
分子量 formula_weight	1181.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TCGT

Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	886.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GAC

Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPGPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	1511.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

TCGTG

Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPC)-3') ;
分子量 formula_weight	557.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 9 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.780 Å
晶胞边长 b length_b	42.780 Å
晶胞边长 c length_c	227.852 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.580 Å
最低分辨率 resolution_low	33.300 Å
R 因子 r_factor	0.2425
R_work r_work	0.2397
R_free r_free	0.2958

fit	/app/data/saxs_computation/mt/9mtd/9mtd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mt/9mtd/9mtd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mt/9mtd/9mtd.dat

[1T7-12] 3D DNA Double Crossover Motif with an Even Number of Half Turns between Junctions

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)