9mu2
SaPI1 neck structure with DNA, tail completion protein, and tape measure protein
Method: ELECTRON MICROSCOPY
Dmax: 180.5 Å
Quality: GOOD
SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics
| 条目编号 entry_id | 9mu2 |
| 沉积日期 deposition_date | 2025-01-13 |
| 结构标题 title | SaPI1 neck structure with DNA, tail completion protein, and tape measure protein |
| 关键词 keywords | sapi, capsid, tail, phage, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE |
| 实验方法 method | ELECTRON MICROSCOPY |
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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)
| 回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier | 53.24 Å |
| 回转半径 Rg (电子) rg_electron | 52.81 Å |
| 零角强度 I(0) i0 | 2979730000.00 |
| 分子量 molecular_weight | 446450.0 kDa |
| 排除体积 excluded_volume | 553770 ų |
| 包络体积 envelope_volume | 784180 ų |
| 水化壳体积 shell_volume | 120250 ų |
| 包络直径 envelope_diameter | 183.0 Å |
| 壳层 Rg shell_rg | 57.69 Å |
| 包络 Rg envelope_rg | 52.34 Å |
| 形状 Rg shape_rg | 52.82 Å |
| 总 Rg total_rg | 52.91 Å |
| 总原子数 total_atoms | 31396 |
| 残基数 n_residues | 3811 |
| 球谐函数阶数 n_harmonics | 20 |
| q 范围 q_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 数据点数 n_points | 101 |
| 壳层类型 shell_type | directional |
| 溶剂电子密度 solvent_density | 0.3340 e/ų |
| 壳层衬度 contrast_shell | 0.0300 e/ų |
| CRYSOL 版本 crysol_version | 4.1.3 |
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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)
| 最大尺寸 Dmax dmax | 180.5 Å |
| Rg (实空间) rg_real | 53.26 Å |
| Rg 误差 (实空间) rg_real_error | 1.97 Å |
| I(0) (实空间) i0_real | 2.9800e+09 |
| I(0) 误差 (实空间) i0_real_error | 6.3250e+07 |
| Rg (倒空间) rg_reciprocal | 53.22 Å |
| I(0) (倒空间) i0_reciprocal | 2979000000.0000 |
| 解质量估计 total_estimate | 0.7892 |
| 解质量评级 solution_quality | GOOD a GOOD solution |
| P(r) 峰数 n_peaks | 2 |
| 主峰位置 r_peak_primary | 60.2 Å |
| 偏度 Skewness skewness | 0.395 |
| 峰度 Kurtosis kurtosis | -0.372 |
| 角度范围 angular_range | — – 0.1500 Å−1 |
| 当前正则化参数 α current_alpha | 0.0000 |
| 最高正则化参数 α highest_alpha | 691300000.0000 |
| 实空间数据点数 n_real_points | 31 |
| GNOM 版本 gnom_version | 4.1.3 |
| 质量判据 quality_criteria | AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.000 |
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment
晶胞参数 Unit Cell
| 晶胞边长 a length_a | 1.000 Å |
| 晶胞边长 b length_b | 1.000 Å |
| 晶胞边长 c length_c | 1.000 Å |
| 晶胞夹角 α angle_alpha | 90.00 ° |
| 晶胞夹角 β angle_beta | 90.00 ° |
| 晶胞夹角 γ angle_gamma | 90.00 ° |
| 晶胞分子数 Z z_pdb | — |
对称性 Symmetry
| 空间群 space_group | P 1 |
| 空间群编号 int_tables_number | 1 |
| 晶系 crystal_system | — |
冷冻电镜 EM 3D
| 分辨率 resolution | 3.54 Å |
| 分辨率测定方法 resolution_method | — |
| 颗粒数 num_particles | 35724 |
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5. 实体与聚合体信息 (8)
Entity 1 polymer
| 描述 description | Head-tail connector protein |
| 分子量 formula_weight | 12809.6 kDa |
| 来源方法 src_method | nat |
| 拷贝数 entity_count | 12 |
聚合体 Polymer
| 聚合体类型 type | polypeptide(L) |
| 链编号 strand_id | A,B,G,H,S,T,Y,Z,e,f,k,l |
| 原子数 atom_count | 31396 |
MTTLADVKKRIGLKDEKQDEQLEEIIKSCESQLLSMLPIEVEQIPERFSYMIKEVAVKRYNRIGAEGMTSEAVDGRSNAYELNDFKEYEAIIDNYFNARTRTKKGRAVFF
Entity 2 polymer
| 描述 description | adaptor |
| 分子量 formula_weight | 11815.4 kDa |
| 来源方法 src_method | nat |
| 拷贝数 entity_count | 6 |
聚合体 Polymer
| 聚合体类型 type | polypeptide(L) |
| 链编号 strand_id | C,I,U,a,g,m |
MRYEDRVIFQLEQVATYNPKTSKKENTLITYDAIPCNINPISRARKQLEFGDVKNDVSVLRIKESISYPVSHVLVNGIRYKIVDTRIYRHETSYYIEEVN
Entity 3 polymer
| 描述 description | DUF3168 domain-containing protein |
| 分子量 formula_weight | 14730.3 kDa |
| 来源方法 src_method | nat |
| 拷贝数 entity_count | 6 |
聚合体 Polymer
| 聚合体类型 type | polypeptide(L) |
| 链编号 strand_id | D,J,V,b,h,n |
MTPNLQLYNKAYETLQGYGFPVISRKEMQQEIPYPFFVIKMPESNRSKYTFDSYSGDTNLVIDIWSVSDDLGHHDGLVKRCIDDLTPSVKTNDYDFEEDDTNITQLVDDTTNQELLHTSITISYKTF
Entity 4 polymer
| 描述 description | Major tail protein |
| 分子量 formula_weight | 21551.7 kDa |
| 来源方法 src_method | nat |
| 拷贝数 entity_count | 12 |
聚合体 Polymer
| 聚合体类型 type | polypeptide(L) |
| 链编号 strand_id | E,F,K,L,W,X,c,d,i,j,o,p |
MANMKNSNDRIILFRKAGEKVDATKMLFLTEYGLSHEADTDTEDTMDGSYNTGGSVESTMSGTAKMFYGDDFADEIEDAVVDRVLYEAWEVESRIPGKNGDSAKFKAKYFQGFHNKFELKAEANGIDEYEYEYGVNGRFQRGFATLPEAVTKKLKATGYRFHDTTKEDALTSEDLTAIPQPKVDSSTVTPGEV
Entity 5 polymer
| 描述 description | Tape measure protein |
| 分子量 formula_weight | 125892.0 kDa |
| 来源方法 src_method | nat |
| 拷贝数 entity_count | 3 |
聚合体 Polymer
| 聚合体类型 type | polypeptide(L) |
| 链编号 strand_id | M,N,O |
MTEYKIKATIEASVAKFKRQIDSAVKSVQRFKRVADQTKDVELNANDKKLQKTIKVAKKSLDAFSNKNVKAKLDASIQDLQQKILESNFELDKLNSKEASPEVKLQKQKLTKDIAEAENKLSELEKKRVNIDVNADNSKFNRVLKVSKASLEALNRSKAKAILDVDNSVANSKIKRTKEELKSIPNKTRSRLDVDTRLSIPTIYAFKKSLDALPNKKTTKVDVDTNGLKKVYAYIIKANDNFQRQMGNLANMFRVFGTVGSNMVGGLLTSSFSILIPVIASVVPVVFALLNAIKVLTGGVLALGGAVAIAGAGFVAFGAMAISAIKMLNDGTLQASSATNEYKKALDGVKSAWTDIIKQNQSAIFTTLANGLNTVKTAMQSLQPFFSGISRGMEEASQSVLKWAENSSVASRFFNMMNTTGVSVFNKLLSAAGGFGDGLVNVFTQLAPLFQWSADWLDRLGQSFSNWANSAAGENSITRFIEYTKTNLPIIGNIFKNVFAGINNLMNAFSGSSTGIFQSLEQMTAKFREWSEQVGQSQGFKDFVSYIQTNGPLIMQLIGNIARGLVAFATAMAPIASAVLRVAVAITGWIANLFEAHPATAQLVGVIITLVGAFRFLIAPILAVMDFLGPLAARLVALVTKFGWAKTGTLVLSKAMTSLKGPIKLVTAIFQLLFGKIGLIRNAITGLVTVFGILGGPITIVIGVIAALIAIFVLLWNKNEGFRNFIINAWNAIKTFMVNVWNVLKAVASVVWNAILTAITTAVSNVYNFIMIVWNQIVAYLQGLWNGIIAIATTVWNLLVTIITTVFTTIMTIVMTIWTAIWTFLSTIWNTIITIATTIWNLLVTVITTVFTTIMTIAMTIWNAIWTFLQTLWNTIVTVATKVWNAITTAISTALQAAWSFISNIWNTIWSFLSGILTTIWNKVVSIFTQVVSTISDKMSQAWNFIVTKGMQWVSTITSTLINFVNRVIQGFVNVVNKVSQGMTNAVNKIKSFIGDFVSAGADMIRGLIRGIGQMAGQLVDAAKNVAKKALDAAKSALGIHSPSREFMDVGMYSMLGFVKGIDNHSSKVIRNVSNVADKVVDAFQPTLNAPDISSITGNLSNLGGNINAQVQHTHSIETSPNMKTVKVEFDVNNDALTSIVNGRNAKRNSEYYL
Entity 6 polymer
| 描述 description | HK97 gp10 family phage protein |
| 分子量 formula_weight | 13482.3 kDa |
| 来源方法 src_method | nat |
| 拷贝数 entity_count | 1 |
聚合体 Polymer
| 聚合体类型 type | polypeptide(L) |
| 链编号 strand_id | P |
MNIDGLDALLNQFHDMKTNIDDDVDDILQENAKEYVVRAKLKAREVMNKGYWTGNLSRNIRYKKTGDLQYTITSHAAYSGFLEFGTRYMEAEPFMWPVYEVIRKSTVEELKALFE
Entity 7 polymer
| 描述 description | ;DNA, 5'-3' ; |
| 分子量 formula_weight | 13596138.0 kDa |
| 来源方法 src_method | nat |
| 拷贝数 entity_count | 1 |
聚合体 Polymer
| 聚合体类型 type | polydeoxyribonucleotide |
| 链编号 strand_id | Q |
AGGTATCTGCATAGTTATTCCGAACTTCCAATTAATAAAACTCTATACCCGTAATCTTCAATGAGTTCTGGCGCTTCCCTTTAATTCCTTTTACATATTCAAAATGAATGTTTTTGATTGCCATCTTTATGAATTCAGTTTTTAACTCATCTTCCATTAATTCCCAGCCGTTTAGCAATGAATACTTGAAATTTTTAATCTTCTCATAGTTAAAAGTCTTACCCTTATCATTATCCTTGCGCTTTTCATACTCATGTATTTCTTTGTCAATACGACTTATTATTGGAAAAGCTTCATCCTTATCCATCATACCTTCTATAAAAAGTGTTTGACATCTAGCGCGTTCTTTTCGCAACTTTTCAATATCGATGCCGACATCTTCTATTTCTTTAGGTTGGTTTTCGATTTTATATGATGTTAAATCAAATTGTTTTAGATAATTGTAAAATTGTTTTAAAACCTCGCCTTCGTCGATGTTACATGCATTTTTATTTTTAGTATTTTTGCAGTTAGAACAAAAGTATAGTTTAGAATACCAAACTTCTTTATTTTTAGGCGTATGCTTGACTGTGTTTAAAGTCAATTTCTGGTTACAGTTTGGACATAATAGTTTACTTCTGAAAATAGCGTTATGTTTTACGATTGTAGAGTTAGTTTTTTCACTTATCCTTAATTTTATTTCTTCGTATTCTTCTTCACTTATAATAGCTTCGTGGGTGTTTTCGACGAATATGTCACCGAAAACAAGATGACCTCTAGCTACCGGACTCGTTAGAGCATTGCCTATAACTGATCTGTGCCAGTTTTTACCTAAGGGTGCTTTGTATTTAGAGTTGTTCAATTTTATAGTTATTTCTCTTAAACTAGTACCTTTTTTCGCTTCTTCTACTGCAAATCGTAATACTTTTTTATATTCATTAGGCACAAATTTATCATTTACTCTGTCGTAATAGAAAGGAGGGACAGTTTTAGCTAACCCTTTTCTAGCTGATGCGCGTCGACCCATTGCAGTACGCTCTTGAATTGTAGTACGCTCCCACTCTGCCATAGCACCTACTAATGTTACGAACAAACGTCCCATAGCAGAAGTTGTGTCATATACTTCTGTTGCGCTCCTAAACAACACGTTTTTATTCTCAAACAATTCTAGTATCTCTAGTAAGTCTTTAACACTTCGAGTTAATCGATCTAGTTTATAGACTAAAACCAAATCAAAATTATCTATTTCATTCAACATTTCTTGTAAAGCGGGTCTGTCTTTTTTAGCTCCGGAGTATCCAGCGTCAGTATATACTTTATGAATTTTCCAGTCGTTTATGTCGCTGTAAGCTCTTAATTTTCTTTCTTGTTCTTCGATAGAGTGTCCTTTTTCTTTTTGTTCAAGTGTACTCACTCTAGTATAAATTGCTACTTTCATGTGCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCGGGCTACCCGAAATTTAGTACTAGGTACTAAATGTGATATAATAAAATAAAAAGTAGGTGATGTTATGACATTTAAAAACAATCATAATTTCAATGAATTAGTTTTAACGAATGAAGACATTAGAATTTTAAAAAATGTCTTAGAAGATGCAGTCAGTGTTTATGATGAATATTCGGTATGTAATGAAGAATCCGATTTTGCTTACTGTTTATTAAGAGACTTATATACATTAGACAGCTTAGCTATTTCGTCAAATAATGTTTGAATTATCGAATTGTACTCTTCGATTTTAATACCATGCATAATAGAGTTTCTGTGTTCAATAGCAGCTTTGACTGAATGTTTTAAATGTTCTTCTATTAAATCGTTGTTTTCCATTTCGTTTAAAAATGTTCTTATATTCCTCTTGTAATCAGGTGTTTGTTTAATTATATCTTTATCAAACTTGTTCAATATCAGCCTACACATTAGTTCTAGCGCTCTACCTAAAAGTAGTGATGTAGCTAGCCTTTTTTCAGACATAAAGCAATCATAAGCTTCAACTATATGAGTTTCAAAATCCTTGTCATTAACTGTTTCTAATAATTGAGTGTATTTTCTTAAAGAAGCCGGTAAATCATTTGCGTTTTCTAACAAAGAATTAGGTGTTCGATAAATTTTTGTAGATTTATCTGATAAATATAAGTCAGAATGAGTTTCAAAATAATAATGCGCAATTGCATCGTCGTTGTATATACTAGCTAAATCGCTCAAGTTAAACATTTGAAAATCATGTATGACTTTTTCGAAAATGAAAGTACTTTTTATATATTCACTTAACTTCTCGAAAGATCTTTCTGTTCTTTTTAAAACATCATCTACAGAAATATTTATTTTCTTCGCTTGCATGCCTTCTGACCCACCGTGAATATAAATTAAACCTCTGTAAAAACTGATATTCAAATCTGCGTAGCTATATTTTATACCGGAATAAAAGGGGAAGTATCCAGTATTTTTATCTATTACATCACCAAAAAATATATCCACTAATTCTTTATATTTTTTGTGAAGTTCATTCATTCTTTTTTCTATATCGTTATATCTCCATAAGTATTGTTTCTCTTCCATCCCTCATCCTCCTCACGCCACATAGGCGCTATTAATCACATTTTAGTTCTATCGGTAATTTTAGACTCCATAACTCTTTGACGTGACTCTTTAGCTTCTCGAATCATATCTTTAAATCCTTGACTGTCTATAAAAGCTTTGGCTTCTTCTATTTGTTCTTGTGTAAGTTTTTTTCTACCAGTGTTAATGTGTATATGCTCAATTTCTTCATATGATTCCATAATTTTTTATTTCTCCTTTACTTTTTATGTTAAAGCGCCGTATAGGAGCTTATTTCCTATATTCTTCTTCAACATACTTTTTTACTAAATATTCAAGAATAAGTTCGGTCATTAGATCGTTTTCTTCGTACTCTTTATGAAGTTACTTTATTCTTTGAATTAATTTAACTTATCGCCATCTATTTTTTGTGAAATAAATTCCAAGTATTTACGCGCATTATGTGACGATAAATCTTTAGGTAACTCATAAGTGAATGGTTGATTACCACTAGTTAAAACTTCATATACTATAGTTTCTTTTTTTATTTTGCAATTAGTTATTTTCATTATAAACTCCTTTTAAACACTGATGAAATAGACGTCTTTTATATTAAAGTGCCATATAGGCGCTATTAATCACAATACAACTTTGCCCATTACTTTAATATTACTAAACGAAGCGACTTTGATATCATCATACTTCGGATTTAGAGATACCAAATTAATATAGTCTTCGCATATATCTACACGCTTGATAAGACTTACTCCATCTAATACAACGAGTGCAATTGTACCATCTTTAATAGAATCTTCTTTCTTAATAAAAGCGTATGTTCCTTGTTTTAACATAGGTTCCATTGAATCACCATTAACTAAAATACAAAAATCAGCATTTGATGGCGTTTCGTCTTCTTTAAAAAATACTTCTTCATGCAATATGTCATCATATAATTCTTCTCCTATGCCAGCACCAGTTGCACCACATGCAATATACGATACTAGTTTAGACTCTTTATATTCATCTATAGAAGTGACTTTATTCTGTTCATCTAATTGCTCGTTTGCATAGTTAAGCACATTTTTTTGTCTTGGAGGCGTGAGTTTACTGTATATGGAAGCGATGTCGTTATTTTCAATTTTTCTATTCTTAGAAATATCAAAACCCATAAGCCACGCTTCGTTAACGTTTAAAGCCTTTGCTAGTTCAAAGACTTTGTCTTGTTTCGCTTCATATTTTCCATTTAAATAATCGCTAATTGAGTTTCTGCCAATACCAGTCCTTCTTGATAGCTCTGATTGAGATATCTTCCGTTCAGACATAATTTGCTTTAATCTATCCTTAAAACTGTTCATATTTCTTAACACCTCATAAGAATATAATACTACGTACAATGACGATTATCAATAATTTTTAACAAATGTTGTACAGAAAAATGTATTTTATGTGTTGACTTATTTAAACAAAGGTGTTTTAATTGATTTGTACAGAAAACCGAACAAGAAGGGAGGTGAGTTTATGATATACAATTTCGATTATAGTTTGCTGTACGAAAGAATGGCAGAGTATAGATATAGCCAAAGTTCTTTAGCGAACGCAATCCCTATTTCAAGGACATCTATTAATCACAAGTTGCAAGGAAAAAATTTATTCACACAATGGGAAATAAAACGAATCTGTGAATTATTAGAAATCCCACCAACAAAAGTAGGTAGATATTTTTTTGAACAAAATGTACATAAAACTGTACAAACATCTTAAAAGGAGGAACGAACAATGCAAGCATTACAAACATTTAATTTTAAAGAGCTACCAGTAAGAACAGTAGAAATTGAAAACGAACCTTATTTTGTAGGAAAAGATATTGCTGAGATTTTAGGATATGCAAGAGCAGACAATGCCATTAGAAATCATGTTGATAGCGAGGACAAGCTGACGCACCAATTTAGTGCATCAGGTCAAAACAGAAATATGATCATTATCAACGAATCAGGATTATACAGTCTAATCTTCGATGCTTCTAAACAAAGCAAAAACGAAAAAATTAGAGAAACCGCTAGAAAATTCAAACGCTGGGTAACATCAGATGTCCTACCAGCTATTCGCAAACACGGTATCTACGCAACAGACAATGTAATTGAACAAACATTAAAAGATCCAGACTACATCATTACAGTGTTGACTGAGTATAAGAAAGAAAAAGAGCAAAACTTACTTTTACAACAAGAAATCGGAGAGCTAAAACCCAAAGCAGATTATGTTGATGAAATCTTAAAATCAACTGGCACATTAGCTACAACTCAAATCGCGGCAGACTACGGTATATCAGCACAAAAGTTAAACAAACTACTACACGAAGCTAGATTACAACGAAAAGTAAATAAACAGTGGGTGCTTTACTCAGAACACATGGGCAAGAGTTACACAGAATCAGACACTATAGCAATTGTACGC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| 聚合体类型 type | polydeoxyribonucleotide |
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7. 引用文献 (2)
;Structure of the Staphylococcus aureus bacteriophage 80 alpha neck shows details of the DNA, tail completion protein, and tape measure protein.
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Structure (2025)
;Structure of the Staphylococcus aureus bacteriophage 80alpha neck shows the interactions between DNA, tail completion protein and tape measure protein
;
bioRxiv (2024)
PMID: 39713459
· DOI: 10.1101/2024.12.10.627806
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8. 文件与曲线 (10)
Files (7)
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- pr_output /app/data/pr_computation/mu/9mu2/9mu2.pr.out
- pr_plot /app/data/visualization/pr_computation/mu/9mu2/9mu2_pr_distribution.png
- saxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/mu/9mu2/9mu2.dat
- saxs_fit /app/data/saxs_computation/mu/9mu2/9mu2.fit
- saxs_log /app/data/saxs_computation/mu/9mu2/9mu2.log
- saxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/mu/9mu2/9mu2_saxs_profile.png
Curves (3)
| fit | /app/data/saxs_computation/mu/9mu2/9mu2.fit |
| pddf | /app/data/pr_computation/mu/9mu2/9mu2.pr.out |
| profile | /app/data/saxs_computation/mu/9mu2/9mu2.dat |