9mu3

SaPI1 neck structure

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 168.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mu3
沉积日期 deposition_date	2025-01-13
结构标题 title	SaPI1 neck structure
关键词 keywords	sapi, capsid, tail, phage, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.87 Å
零角强度 I(0) i0	73040800.00
分子量 molecular_weight	68474.0 kDa
排除体积 excluded_volume	85280 Å³
包络体积 envelope_volume	131870 Å³
水化壳体积 shell_volume	27053 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.81 Å
包络 Rg envelope_rg	48.62 Å
形状 Rg shape_rg	47.89 Å
总 Rg total_rg	47.44 Å
总原子数 total_atoms	4822
残基数 n_residues	593
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.9 Å
Rg (实空间) rg_real	47.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	72940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6162
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.555
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.704
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3043000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.092; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.051; Smooth: 0.679

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Head-tail connector protein
分子量 formula_weight	12809.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4822

MTTLADVKKRIGLKDEKQDEQLEEIIKSCESQLLSMLPIEVEQIPERFSYMIKEVAVKRYNRIGAEGMTSEAVDGRSNAYELNDFKEYEAIIDNYFNARTRTKKGRAVFF

Entity 2 polymer

描述 description	adaptor
分子量 formula_weight	11815.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MRYEDRVIFQLEQVATYNPKTSKKENTLITYDAIPCNINPISRARKQLEFGDVKNDVSVLRIKESISYPVSHVLVNGIRYKIVDTRIYRHETSYYIEEVN

Entity 3 polymer

描述 description	DUF3168 domain-containing protein
分子量 formula_weight	14730.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTPNLQLYNKAYETLQGYGFPVISRKEMQQEIPYPFFVIKMPESNRSKYTFDSYSGDTNLVIDIWSVSDDLGHHDGLVKRCIDDLTPSVKTNDYDFEEDDTNITQLVDDTTNQELLHTSITISYKTF

Entity 4 polymer

描述 description	Major tail protein
分子量 formula_weight	21551.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MANMKNSNDRIILFRKAGEKVDATKMLFLTEYGLSHEADTDTEDTMDGSYNTGGSVESTMSGTAKMFYGDDFADEIEDAVVDRVLYEAWEVESRIPGKNGDSAKFKAKYFQGFHNKFELKAEANGIDEYEYEYGVNGRFQRGFATLPEAVTKKLKATGYRFHDTTKEDALTSEDLTAIPQPKVDSSTVTPGEV

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.14 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	23206

fit	/app/data/saxs_computation/mu/9mu3/9mu3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mu/9mu3/9mu3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mu/9mu3/9mu3.dat

SaPI1 neck structure

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)