9mur

Cryo-EM structure of Rubisco from Arabidopsis thaliana with the 2B small subunit isoform

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 140.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mur
沉积日期 deposition_date	2025-01-14
结构标题 title	Cryo-EM structure of Rubisco from Arabidopsis thaliana with the 2B small subunit isoform
关键词 keywords	carboxylase, oxygenase, TIM barrel, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.14 Å
零角强度 I(0) i0	3415020000.00
分子量 molecular_weight	493680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	618390 Å³
包络体积 envelope_volume	804070 Å³
水化壳体积 shell_volume	129270 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.0 Å
壳层 Rg shell_rg	59.83 Å
包络 Rg envelope_rg	46.60 Å
形状 Rg shape_rg	47.13 Å
总 Rg total_rg	47.54 Å
总原子数 total_atoms	34832
残基数 n_residues	4408
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.9 Å
Rg (实空间) rg_real	47.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4150e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3417000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6529
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.0 Å
偏度 Skewness skewness	-0.009
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.562
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1699000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.006; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.753

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子量 formula_weight	53020.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	34912

MSPQTETKASVGFKAGVKEYKLTYYTPEYETKDTDILAAFRVTPQPGVPPEEAGAAVAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYKGRCYHIEPVPGEETQFIAYVAYPLDLFEEGSVTNMFTSIVGNVFGFKALAALRLEDLRIPPAYTKTFQGPPHGIQVERDKLNKYGRPLLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENVNSQPFMRWRDRFLFCAEAIYKSQAETGEIKGHYLNATAGTCEEMIKRAVFARELGVPIVMHDYLTGGFTANTSLSHYCRDNGLLLHIHRAMHAVIDRQKNHGMHFRVLAKALRLSGGDHIHAGTVVGKLEGDRESTLGFVDLLRDDYVEKDRSRGIFFTQDWVSLPGVLPVASGGIHVWHMPALTEIFGDDSVLQFGGGTLGHPWGNAPGAVANRVALEACVQARNEGRDLAVEGNEIIREACKWSPELAAACEVWKEITFNFPTIDKLDGQE

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit 2B, chloroplastic
分子量 formula_weight	15643.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O,P

MKVWPPIGKKKFETLSYLPDLSDVELAKEVDYLLRNKWIPCVEFELEHGFVYREHGNTPGYYDGRYWTMWKLPLFGCTDSAQVLKEVEECKKEYPGAFIRIIGFDNTRQVQCISFIAYKPPSFTEAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.48 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	249734

fit	/app/data/saxs_computation/mu/9mur/9mur.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mu/9mur/9mur.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mu/9mur/9mur.dat

Cryo-EM structure of Rubisco from Arabidopsis thaliana with the 2B small subunit isoform

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)