9muv

Oxidized state of a turn-on thiol-disulfide redox biosensor with a fluorescence-lifetime readout

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9muv
沉积日期 deposition_date	2025-01-14
结构标题 title	Oxidized state of a turn-on thiol-disulfide redox biosensor with a fluorescence-lifetime readout
关键词 keywords	Fluorescence lifetime, thiol-disulfide redox, FLUORESCENT PROTEIN; FLUORESCENT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.93 Å
零角强度 I(0) i0	44336200.00
分子量 molecular_weight	51846.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64961 Å³
包络体积 envelope_volume	77068 Å³
水化壳体积 shell_volume	26236 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.41 Å
包络 Rg envelope_rg	25.06 Å
形状 Rg shape_rg	24.90 Å
总 Rg total_rg	25.75 Å
总原子数 total_atoms	7135
残基数 n_residues	452
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8732
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.420
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.977

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Fluorescent thiol-disulfide redox biosensor
分子量 formula_weight	28457.1 kDa
突变 mutation	Engineered, based on GFP, with numerous mutations relative to GFP
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7452

MKHHHHHHHGGASMVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFISTTGKLPVPWPTLVTTLXVQCFARYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNGWCGDNVYITADKQKNGIKANFKIRHNIEDGGVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTCSKLSKDPNEKRDHMVFLEFVTAAGITLGMDELYK

来源 Source

来源生物 organism	Aequorea victoria
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6100
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	253

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.550 Å
晶胞边长 b length_b	140.430 Å
晶胞边长 c length_c	130.960 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	35.110 Å
R 因子 r_factor	0.1924
R_work r_work	0.1887
R_free r_free	0.2343

fit	/app/data/saxs_computation/mu/9muv/9muv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mu/9muv/9muv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mu/9muv/9muv.dat