9mwv

;Structure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain bound with N-(3-(((2-(3-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-4-yl)ethyl)amino)methyl)phenyl)thiophene-2-carboximidamide ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 144.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mwv
沉积日期 deposition_date	2025-01-17
结构标题 title	;Structure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain bound with N-(3-(((2-(3-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-4-yl)ethyl)amino)methyl)phenyl)thiophene-2-carboximidamide ;
关键词 keywords	nitric oxide synthase inhibitor binding, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.04 Å
零角强度 I(0) i0	1040630000.00
分子量 molecular_weight	177190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	171160 Å³
包络体积 envelope_volume	305170 Å³
水化壳体积 shell_volume	58980 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.7 Å
壳层 Rg shell_rg	47.82 Å
包络 Rg envelope_rg	42.84 Å
形状 Rg shape_rg	43.06 Å
总 Rg total_rg	43.14 Å
总原子数 total_atoms	13371
残基数 n_residues	1605
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.0 Å
Rg (实空间) rg_real	43.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0410e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1041000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8824
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.282
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.604
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	136200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.843

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Nitric oxide synthase, endothelial
分子量 formula_weight	49345.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14179

APASLLPPAPEHSPPSSPLTQPPEGPKFPRVKNWEVGSITYDTLSAQAQQDGPCTPRRCLGSLVFPRKLQGRPSPGPPAPEQLLSQARDFINQYYSSIKRSGSQAHEQRLQEVEAEVAATGTYQLRESELVFGAKQAWRNAPRCVGRIQWGKLQVFDARDCRSAQEMFTYICNHIKYATNRGNLRSAITVFPQRCPGRGDFRIWNSQLVRYAGYRQQDGSVRGDPANVEITELCIQHGWTPGNGRFDVLPLLLQAPDEPPELFLLPPELVLEVPLEHPTLEWFAALGLRWYALPAVSNMLLEIGGLEFPAAPFSGWYMSTEIGTRNLCDPHRYNILEDVAVCMDLDTRTTSSLWKDKAAVEINVAVLHSYQLAKVTIVDHHAATASFMKHLENEQKARGGCPADWAWIVPPISGSLTPVFHQEMVNYFLSPAFRYQPDPW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN
分子量 formula_weight	241.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-{3-[({2-[3-(aminomethyl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]ethyl}amino)methyl]phenyl}thiophene-2-carboximidamide
分子量 formula_weight	440.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 9 non-polymer

描述 description	GADOLINIUM ATOM
分子量 formula_weight	157.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 11 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	785

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.756 Å
晶胞边长 b length_b	152.650 Å
晶胞边长 c length_c	108.812 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.896 Å
最低分辨率 resolution_low	39.172 Å
R 因子 r_factor	0.1832
R_work r_work	0.1813
R_free r_free	0.2185

fit	/app/data/saxs_computation/mw/9mwv/9mwv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mw/9mwv/9mwv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mw/9mwv/9mwv.dat