9mxc

Cryo-EM Structure of Human Enterovirus D68 USA/IL/14-18952 in Complex with Fc-MFSD6(L3)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 98.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mxc
沉积日期 deposition_date	2025-01-18
结构标题 title	Cryo-EM Structure of Human Enterovirus D68 USA/IL/14-18952 in Complex with Fc-MFSD6(L3)
关键词 keywords	Virus, Glycan, MFSD6, Receptor; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.24 Å
零角强度 I(0) i0	135743000.00
分子量 molecular_weight	92029.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115050 Å³
包络体积 envelope_volume	149200 Å³
水化壳体积 shell_volume	41572 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.9 Å
壳层 Rg shell_rg	37.23 Å
包络 Rg envelope_rg	29.85 Å
形状 Rg shape_rg	29.22 Å
总 Rg total_rg	30.05 Å
总原子数 total_atoms	12804
残基数 n_residues	820
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	135700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8865
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.325
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.304
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.937

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	viral protein 1
分子量 formula_weight	32854.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12939

IESIIKTATDTVKSEINAELGVVPSLNAVETGATSNTEPEEAIQTRTVINQHGVSETLVENFLSRAALVSKRSFEYKDHTSSAAQTDKNFFKWTINTRSFVQLRRKLELFTYLRFDAEITILTTVAVNGSSNNTYVGLPDLTLQAMFVPTGALTPEKQDSFHWQSGSNASVFFKISDPPARMTIPFMCINSAYSVFYDGFAGFEKSGLYGINPADTIGNLCVRIVNEHQPVGFTVTVRVYMKPKHIKAWAPRPPRTLPYMSIANANYKGKGRAPNALNAIIGNRDSVKTMPHNIVTT

Entity 2 polymer

描述 description	viral protein 2
分子量 formula_weight	26527.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

RVLQLKLGNSAIVTQEAANYCCAYGEWPNYLPDHEAVAIDKPTQPETATDRFYTLRSVKWEAGSTGWWWKLPDALNNIGMFGQNVQHHYLYRSGFLIHVQCNATKFHQGALLVVAIPEHQRGAHNTNTSPGFDDIMKGEEGGTFNHPYVLDDGTSLACATIFPHQWINLRTNNSATIVLPWMNAAPMDFPLRHNQWTLAIIPVVPLGTRTMSSMVPITVSIAPMCCEFNGLRHAITQ

Entity 3 polymer

描述 description	viral protein 3
分子量 formula_weight	27156.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GVPTYLLPGSGQFLTTDDHSSAPVLPCFNPTPEMHIPGQVRNMLEVVQVESMMEINNTESAVGMERLKVDISALTDVDQLLFNIPLDIQLDGPLRNTLVGNISRYYTHWSGSLEMTFMFCGSFMATGKLILCYTPPGGSCPTTRETAMLGTHVVWDFGLQSSVTLIIPWISGSHYRMFNNDAKSTNANVGYVTCFMQTNLIVPSESSDTCSLIGFIAAKDDFSLRLMRDSPDIGQLDHLHAAEAAYQ

Entity 4 polymer

描述 description	viral protein 4
分子量 formula_weight	3401.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

QINFYKDSYAASASKQDFSQDPSKFTEPVV

Entity 5 polymer

描述 description	Major facilitator superfamily domain-containing protein 6
分子量 formula_weight	1072.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

NLLETRLNV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1057.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	127

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	8656

fit	/app/data/saxs_computation/mx/9mxc/9mxc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mx/9mxc/9mxc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mx/9mxc/9mxc.dat

Cryo-EM Structure of Human Enterovirus D68 USA/IL/14-18952 in Complex with Fc-MFSD6(L3)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)