9mxz

Lecithin:Cholesterol Acyltransferase Bound to Apolipoprotein A-I dimer in HDL

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 158.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mxz
沉积日期 deposition_date	2025-01-21
结构标题 title	Lecithin:Cholesterol Acyltransferase Bound to Apolipoprotein A-I dimer in HDL
关键词 keywords	Complex, Lecithin:Cholesterol Acyltransferase, Apolipoprotein A-I, HDL, LIPID TRANSPORT; LIPID TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.82 Å
零角强度 I(0) i0	422833000.00
分子量 molecular_weight	260760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	366220 Å³
包络体积 envelope_volume	514510 Å³
水化壳体积 shell_volume	86820 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.9 Å
壳层 Rg shell_rg	52.37 Å
包络 Rg envelope_rg	49.48 Å
形状 Rg shape_rg	52.17 Å
总 Rg total_rg	49.71 Å
总原子数 total_atoms	20264
残基数 n_residues	1224
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	158.0 Å
Rg (实空间) rg_real	57.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	423100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8458
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	81.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.056
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.782
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Apolipoprotein A-I
分子量 formula_weight	28120.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,A
原子数 atom_count	20264

DEPPQSPWDRVKDLATVYVDVLKDSGRDYVSQFEGSALGKQLNLKLLDNWDSVTSTFSKLREQLGPVTQEFWDNLEKETEGLRQEMSKDLEEVKAKVQPYLDDFQKKWQEEMELYRQKVEPLRAELQEGARQKLHELQEKLSPLGEEMRDRARAHVDALRTHLAPYSDELRQRLAARLEALKENGGARLAEYHAKATEHLSTLSEKAKPALEDLRQGLLPVLESFKVSFLSALEEYTKKLNTQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
分子量 formula_weight	44880.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.43,3.1.1.47
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

HTRPVILVPGYLGNQLEAKLDKPDVVNWMCYRKTEDFFTIWLDLNMFLPLGVDCWIDNTRVVYNRSSGLVSNAPGVQIRVPGFGKTYSVEYLDSSKLAGYLHTLVQNLVNNGYVRDETVRAAPYDWRLEPGQQEEYYRKLAGLVEEMHAAYGKPVFLIGHSLGCLHLLYFLLRQPQAWKDRFIDGFISLGAPWGGSIKPMLVLASGDNQGIPIMSSIKLKEEQRITTTSPWMFPSRMAWPEDHVFISTPSFNYTGRDFQRFFADLHFEEGWYMWLQSRDLLAGLPAPGVEVYCLYGVGLPTPRTYIYDHGFPYTDPVGVLYEDGDDTVATRSTELCGLWQGRQPQPVHLLPLHGIQHLNMVFSNLTLEHINAILLGAYRQGPPASPTASPEPPPPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Human adenovirus 5

Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
分子量 formula_weight	763.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	158

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	9.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	44391

fit	/app/data/saxs_computation/mx/9mxz/9mxz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mx/9mxz/9mxz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mx/9mxz/9mxz.dat

Lecithin:Cholesterol Acyltransferase Bound to Apolipoprotein A-I dimer in HDL

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)