SAXSdb — 9mzu

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mzu
沉积日期 deposition_date	2025-01-23
结构标题 title	Structure of PorKN from Porphyromonas gingivalis
关键词 keywords	T9SS Type 9 Secretion System C33 assembly periplasmic assembly membrane protein, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.63 Å
零角强度 I(0) i0	914482000.00
分子量 molecular_weight	248040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	308910 Å³
包络体积 envelope_volume	434050 Å³
水化壳体积 shell_volume	77673 Å³
包络直径 envelope_diameter	179.4 Å
壳层 Rg shell_rg	50.19 Å
包络 Rg envelope_rg	46.98 Å
形状 Rg shape_rg	46.62 Å
总 Rg total_rg	46.78 Å
总原子数 total_atoms	17862
残基数 n_residues	2094
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.9 Å
Rg (实空间) rg_real	46.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	914200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7938
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.490
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.210
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	201600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	PorK
分子量 formula_weight	55967.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	17871

MCRKNRFFALAGFFLFGVFTISSCGSSKRAVGGELTGAKLSSWNEPSPFGMIQVPRGSIVLGNKEADSLWGIPAESRPISVDAFWMDRTEITNAQYRQFVYYVRDSIIRERLADPAYGGNEEYKITENKFGEPVTPHLDWSKPIPSEKRATEEEIAAINSVYYTNPVTHDRKLNPDQMVYRYEVYDYRSAALREHQLKAAKRNLNTDIKVDPNAVVMISKDTAFVDESGNIISETITRPLSSEYDFLNTYIVPIYPDETCWVNDFPNARTEIYTRMYFNHPGYDDYPVVGISWEQAQAFCAWRSEFFRKGIRLPEGQIMDDFRLPTEAEWEYAARMGDSNNKYPWSTEDLRTGRGCFLGNFKPGEGDYTADGHLIPSRVSSFSPNDFGLYDMAGNVAEWTSTAFSESGLKQMSDINPELEYKAALTDPYILKQKVVRGGSWKDVARFIRSATRSHEYQNVGRSYIGFRCVRTSIAFSSGKAPKSSRRSTKK

Entity 2 polymer

描述 description	Gliding motility protein GldN
分子量 formula_weight	41729.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MFMKVFKAVIGAILAATVSISSVAQENTNNRSPQVGRAPRNTEVEQTTTLSNRAQEFNRRLTQKTDNAPWRRVVYRRVDLMEESNAVLYYPPRPIGDRKNLFSTIFGLINSNSLDVYEYLDGFEAFTDQYKIKFQEFLDRFGIYYQPSTNKNAELFKVADSDIPSAEVKAYYVKEEWYFTPTNSDVDIKIQAICPIMTGQDEFGEVRNQPLFWIPYENIRPYIARERVMLSSLNNTRNSTIDDFFRLNLYKGDIVKTENLHNRALAEYCPTPDSMKMESKRIDKELQGFRDGLFVTQDTTWMKQAETKKSKGKKLEKARGKNITSRTRGQGEGAAETEAVEPKKQKASKNKAATRSVRRRK

Entity 3 branched

描述 description	;alpha-L-fucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose ;
分子量 formula_weight	810.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	676608

fit	/app/data/saxs_computation/mz/9mzu/9mzu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mz/9mzu/9mzu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mz/9mzu/9mzu.dat

Structure of PorKN from Porphyromonas gingivalis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)