9n1b

;Crystal structure of CysS from Corallococcus sp. CA054B with 5'-deoxyadenosine, methionine, and pantetheinylated 3-methoxyl-4-amino benzoic acid substrate bound ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n1b
沉积日期 deposition_date	2025-01-25
最后修订 last_revision	2026-01-28
结构标题 title	;Crystal structure of CysS from Corallococcus sp. CA054B with 5'-deoxyadenosine, methionine, and pantetheinylated 3-methoxyl-4-amino benzoic acid substrate bound ;
关键词 keywords	cystobactamids, radical S-adenosylmethionine methylase, cobalamin, OXIDOREDUCTASE, OXIDOREDUCTASE-SUBSTRATE complex; OXIDOREDUCTASE/SUBSTRATE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.61 Å
零角强度 I(0) i0	166763000.00
分子量 molecular_weight	68583.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66297 Å³
包络体积 envelope_volume	106340 Å³
水化壳体积 shell_volume	34058 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.62 Å
包络 Rg envelope_rg	25.96 Å
形状 Rg shape_rg	25.63 Å
总 Rg total_rg	26.15 Å
总原子数 total_atoms	5171
残基数 n_residues	626
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	166800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8610
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.426
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.070
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.749; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.960

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Radical SAM protein
分子量 formula_weight	73186.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5857

MGAMVNQRVAFIELTVFAGVYPLASGYMRGVAEQNAAIKDACSFEIHSICINDNRFEDRLNAIDADVYAISCYVWNMGFVKRWLPTLTARKPHAHVILGGPQVMNHGARYLDPGNERVVLCNGEGEYTFANYLAEICSPEPDLGKVKGLTFYRNGELITSAPQERIQDLNAIPSPYLEGYFDSEKYVWAPIETNRGCPYQCTYCFWGAATNSRVFKTDMDRVKAEITWLSQRRAFYIFITDANFGMLTRDIEIAQHIAECKRKYGYPLTVWLSAAKNSPDRVTQITRILSQEGLISTQPVSLQTMDANTLKSVKRGNIKESAYLNLQEELRRSKLSSFVEMIWPLPGETLETFKEGIGKLCSYEADAILIHHLLLINNVPMNAQREEFNLEVSNDEDPNSEAQVVVATRDVTREEYKEGVRFGYHLTSLYSLRALQFVGKYLDKQGLLAFKDLISSFSDYCKRFPDHPYTQYISSIIDGSSQSKFSANGGIFHVTLHEFRREFDQLLAGFLQSLGMMHTEPLEFLFDLDLLNRPHVYSNTPVTNGDGLLKHVTVVAKEKDALVVHIPEKYVQLAWEMLRLDGAPSTRMRVKYRGAQMPFMANKPYEDNLSYCEAKLHKMGSILPVWEPAVPSIAPVRRPQVAVAS

来源 Source

来源生物 organism	Corallococcus sp. CA054B
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2316734
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALAMIN
分子量 formula_weight	1330.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	5'-DEOXYADENOSINE
分子量 formula_weight	251.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	METHIONINE
分子量 formula_weight	149.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-({N-[(2R)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethylbutanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl 4-amino-3-methoxybenzoate
分子量 formula_weight	411.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	599

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.044 Å
晶胞边长 b length_b	75.287 Å
晶胞边长 c length_c	77.015 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	33.700 Å
R 因子 r_factor	0.1542
R_work r_work	0.1527
R_free r_free	0.1842

fit	/app/data/saxs_computation/n1/9n1b/9n1b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n1/9n1b/9n1b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n1/9n1b/9n1b.dat