9n2r

Structure of GTP-bound GM4951

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 184.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n2r
沉积日期 deposition_date	2025-01-29
最后修订 last_revision	2026-01-14
结构标题 title	Structure of GTP-bound GM4951
关键词 keywords	Lipid droplet associated protein, GTPase, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.47 Å
零角强度 I(0) i0	1085210000.00
分子量 molecular_weight	276280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	346040 Å³
包络体积 envelope_volume	522400 Å³
水化壳体积 shell_volume	81364 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.8 Å
壳层 Rg shell_rg	57.18 Å
包络 Rg envelope_rg	52.73 Å
形状 Rg shape_rg	54.47 Å
总 Rg total_rg	54.55 Å
总原子数 total_atoms	19420
残基数 n_residues	2350
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	184.6 Å
Rg (实空间) rg_real	54.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0850e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1085000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8587
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	70.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.401
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.108
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	71330000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.592

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Interferon inducible GTPase 1C
分子量 formula_weight	48562.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C,D,E,F
原子数 atom_count	19459

HHHHHHSQDPMGQLFSSRRSEDQDLSSSFIEYLKECEKGINIIPHEIITSIEINMKKGNIQEVNSTVRDMLREIDNTPLNVALTGETGSGKSSFINTLRGIGHEEGGAAHTGVTDKTKERHPYEHPKMPNVVFWDLPGTGSEDFQPKTYLEKMKFYEYDFFIIISATRFKKNDIDLAKAIGIMKKEFYFVRTQVDSDLRNEEDFKPQTFDREKVLQDIRLNCVNTFRENGIAEPPIFLISNKNVCHYDFPVLMDKLISDLPVFKRQNFMFSLPNITDSVIEKKRNFLRWKTWLEGFADGLLSFFLESDLETLEKSMKFYRTVFGVDDASLQRLARAWEIDQVDQVRAMIKSPAVFTPTDEETIQERLSRYNQEFCLANGYLLPKNHCREILYLKLYFLDMVTEDAKTLLKEICLRN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 3 non-polymer

描述 description	5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	539.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	39

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.759 Å
晶胞边长 b length_b	100.245 Å
晶胞边长 c length_c	152.347 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	92.31 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.86 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	46.020 Å
R 因子 r_factor	0.2106
R_work r_work	0.2087
R_free r_free	0.2466

fit	/app/data/saxs_computation/n2/9n2r/9n2r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n2/9n2r/9n2r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n2/9n2r/9n2r.dat

Structure of GTP-bound GM4951

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction