9n44

Crystal structure of human KRAS-G12C covalent bound to Olomorasib

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 47.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n44
沉积日期 deposition_date	2025-02-01
最后修订 last_revision	2025-12-10
结构标题 title	Crystal structure of human KRAS-G12C covalent bound to Olomorasib
关键词 keywords	GTPase, KRAS-G12C, Olomorasib, ONCOPROTEIN; ONCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.96 Å
零角强度 I(0) i0	13830600.00
分子量 molecular_weight	18385.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17580 Å³
包络体积 envelope_volume	26705 Å³
水化壳体积 shell_volume	14795 Å³
包络直径 envelope_diameter	47.1 Å
壳层 Rg shell_rg	21.19 Å
包络 Rg envelope_rg	15.23 Å
形状 Rg shape_rg	14.94 Å
总 Rg total_rg	15.80 Å
总原子数 total_atoms	1385
残基数 n_residues	167
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	47.8 Å
Rg (实空间) rg_real	15.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13830000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9071
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.041
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.4950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2558000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.994

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2B of GTPase KRas
分子量 formula_weight	19295.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	G12C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1499

MTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETSLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLLVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKSDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	Olomorasib Bound Form
分子量 formula_weight	531.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.503 Å
晶胞边长 b length_b	39.464 Å
晶胞边长 c length_c	53.222 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.110 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1641
R_work r_work	0.1629
R_free r_free	0.1894

fit	/app/data/saxs_computation/n4/9n44/9n44.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n4/9n44/9n44.pr.out
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