9n5u

Structure of the Thermococcus sibiricus NfnABC complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 143.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n5u
沉积日期 deposition_date	2025-02-04
最后修订 last_revision	2025-05-07
结构标题 title	Structure of the Thermococcus sibiricus NfnABC complex
关键词 keywords	Flavin-based electron bifurcation, Bfu family, Nfn-ABC, cryo-EM structures, flavo-FeS cluster, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.60 Å
零角强度 I(0) i0	552270000.00
分子量 molecular_weight	192630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	240710 Å³
包络体积 envelope_volume	318420 Å³
水化壳体积 shell_volume	63056 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.1 Å
壳层 Rg shell_rg	46.79 Å
包络 Rg envelope_rg	42.53 Å
形状 Rg shape_rg	42.71 Å
总 Rg total_rg	42.42 Å
总原子数 total_atoms	13355
残基数 n_residues	1692
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.7 Å
Rg (实空间) rg_real	42.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.7900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	552200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8814
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.347
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.489
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	54340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.874

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	NfnA
分子量 formula_weight	107912.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13355

MPRRRVSEMVKITVNGKEFEAPKDKSLIEFLREITHVPGFCYTEAFDPYGSCRLCLVQTPRGITTSCTLKPMEGLSIETLSDEIIEMRKTALELILSDHYGDCIGPCQNGCPAHSDVQGYLALIAMGRYHEAVKLMKEKYILPAVLGRVCPAFCEEECRRNLVEEPLAIRQLKRFAADYDLENGPWMPEIPPSTGKRIAVVGGGPAGLACAYYLRTMGHDVTIFDAMPHLGGMMRYGIPPYRLPKDVLDKDIATVINTGIEVKTNTALGKDIALEELREQYDAVFLGVGAWKSRKMGIEGEDLDGVIHGTEFLRKVNMGEKVELGKRVIVVGGGNTAMDVARTALRLGADVTVVYRRSKSEMPANSREVEEAEEEGVKFMFLTNPVKIIGKEKVEEVELIKMKLGEPDASGRRRPMPIEGSEFRVKVDNVILAIGQYCDEEFLRTIGIEAKRGRVLVDEVTLQTNKEGVFAGGDLVLGPSTVIESIATGRRAAIMIDLYLKGKLEKAREVLLDPSKHIEEVIYDEDLYRVLFDLRPYNHWKKVTEKDYEHVERKPRVKVKLLDPEIRKSNFKEVEPTMDEETVLTEAQRCMSCGCMEVFRCKLREYATLYDAKQDAFVGEQNKFEIDETHPNVVLDNNKCVLCGQCVNFTHEIAREGIVDYLFRGFKTYIGPQLGERLEDQKGVFIGELTDICPVGAITEKLPFVKPGPWKTQPVKTVCNGCSFACEMNIEVYNDILVRASSRKDSWNGYICDYCRFERPWAQDIAQPILKGNAVSWEDAEKFLEEKECALILTPSLTNEEIMFLKELAERKGIPIGSTIDGEGSTATLEDIRNAKRVLLKVNIEKYPLLKLLLKGKEIVEEGYEVAIIEGPAEPMDVPTLILHDGVNATGLIKAGVTGIPEAKAYVVIGNSPAISKLKGEYLILPSGLWAEKEGTVTNAFGMDLKVKKARKAHYDVKSLFNF

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus sibiricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	172049
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus

Entity 2 polymer

描述 description	NfnB
分子量 formula_weight	66237.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSEIKAIAVGMNSCGIAAGARETYEAVKEELEKRNLDIKLKIVGCVGMCYREPLLDIITDNEIITYGHVTPDRVPRIIEEHVINGKPIEDWVVKKDWWENGQRKTWDFDGYFVKQKKIVLENSGYIDPENIEEYIAAGGYEALKKAFKMKPEEIIDFITKSGLRGRGGAGFPTGLKWKFTRDAPGDEKYIVCNADEGDPGAFMDRNVLEGDPHRVIEGMIIGAYAIGATKGFIYVRAEYPLAIKRLRIALKQAREKGFLGENILGSGFSFEIVIKEGAGAFVCGEETALIASIEGKRGMPRPRPPYPAQKGLWGRPTNINNVETWANVPWIIKHGWEAYAALGTEKSKGTKVFALSGKIKHGGNVEVPMGITLREILYEIGGGTKTGKKIKAVQLGGPSGGCIPDYLFNTPVDYESVTATGAIMGSGGMVVMDEDTCMVDVAKFFLDFTVKESCGKCTFCRLGTKRMWELLDKITKGEGALEDIEKLEKLAPLVKTGSLCGLGQTAPNPVLTTLKYFKDEYLAHIEGRCPAKVCKPLIKYVIITEKCTGCTACAIMCPVKAISGERGKPHLINQEACIKCGTCYEVCRFNAIEITDAKKEGE

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus sibiricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	172049
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus

Entity 3 polymer

描述 description	NfnC
分子量 formula_weight	17382.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MNIQLEYIYHYEPNPSSLIPLLQKTQETFGYLPKEALEEISRYLKVPLSRVYGVATFYAQFRFEPLGKYVIKICHGTACHVNGAVNISQAIREEVGIEEGQTTVDGLITLERVACLGCCSLAPVIMINEKVYGKLTPDKVRKIIRNLKEGKLNV

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus sibiricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	172049
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus

Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.85 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	198898

fit	/app/data/saxs_computation/n5/9n5u/9n5u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n5/9n5u/9n5u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n5/9n5u/9n5u.dat

Structure of the Thermococcus sibiricus NfnABC complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)