9n7r

;Crystal structure of HPK1 bound to N-(3,5-difluoro-4-{[3-(trifluoromethyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy}phenyl)-N'-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea (compound C6) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n7r
沉积日期 deposition_date	2025-02-06
结构标题 title	;Crystal structure of HPK1 bound to N-(3,5-difluoro-4-{[3-(trifluoromethyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy}phenyl)-N'-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea (compound C6) ;
关键词 keywords	nucleotide binding, MAP4K1, Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.14 Å
零角强度 I(0) i0	69931700.00
分子量 molecular_weight	67795.0 kDa
排除体积 excluded_volume	85888 Å³
包络体积 envelope_volume	104370 Å³
水化壳体积 shell_volume	32358 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.3 Å
壳层 Rg shell_rg	34.42 Å
包络 Rg envelope_rg	26.90 Å
形状 Rg shape_rg	27.16 Å
总 Rg total_rg	27.86 Å
总原子数 total_atoms	9593
残基数 n_residues	578
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	69930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8996
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	88.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.286
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.534
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.934

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
分子量 formula_weight	35018.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9837

MHHHHHHGENLYFQGSDVVDPDIFNRDPRDHYDLLQRLGGGTYGEVFKARDKVSGDLVALKMVKMEPDDDVSTLQKEILILKTCRHANIVAYHGSYLWLQKLWICMEFCGAGSLQDIYQVTGSLSELQISYVCREVLQGLAYLHSQKKIHRDIKGANILINDAGEVRLADFGISAQIGAELARRLEFIGTPYWMAPEVAAVALKGGYNELCDIWSLGITAIELAELQPPLFDVHPLRVLFLMTKSGYQPPRLKEKGKWSAAFHNFIKVTLTKSPKKRPSATKMLSHQLVSQPGLNRGLILDLLDKLKNGNS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	N-(3,5-difluoro-4-{[3-(trifluoromethyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy}phenyl)-N'-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea
分子量 formula_weight	499.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	232

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.190 Å
晶胞边长 b length_b	76.690 Å
晶胞边长 c length_c	85.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.130 Å
最低分辨率 resolution_low	47.940 Å
R 因子 r_factor	0.1807
R_work r_work	0.1783
R_free r_free	0.2268

fit	/app/data/saxs_computation/n7/9n7r/9n7r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n7/9n7r/9n7r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n7/9n7r/9n7r.dat