SAXSdb — 9n88

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n88
沉积日期 deposition_date	2025-02-07
结构标题 title	PROTAC-induced IRE1 ternary complex
关键词 keywords	Complex, degrader, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.07 Å
零角强度 I(0) i0	548602000.00
分子量 molecular_weight	128460.0 kDa
排除体积 excluded_volume	124740 Å³
包络体积 envelope_volume	234680 Å³
水化壳体积 shell_volume	49824 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.1 Å
壳层 Rg shell_rg	43.52 Å
包络 Rg envelope_rg	42.33 Å
形状 Rg shape_rg	42.09 Å
总 Rg total_rg	42.10 Å
总原子数 total_atoms	9760
残基数 n_residues	1220
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.8 Å
Rg (实空间) rg_real	42.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	548500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8746
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.386
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.510
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.857

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
分子量 formula_weight	46329.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1,3.1.26.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	9766

VVIVGKISFCPKDVLGHGAEGTIVYRGMFDNRDVAVKRILPECFSFADREVQLLRESDEHPNVIRYFCTEKDRQFQYIAIELCAATLQEYVEQKDFAHLGLEPITLLQQTTSGLAHLHSLNIVHRDLKPHNILISMPNAHGKIKAMISDFGLCKKLAVGRHSFSRRSGVPGTEGWIAPEMLSEDCKENPTYTVDIFSAGCVFYYVISEGSHPFGKSLQRQANILLGACSLDCLHPEKHEDVIARELIEKMIAMDPQKRPSAKHVLKHPFFWSLEKQLQFFQDVSDRIEKESLDGPIVKQLERGGRAVVKMDWRENITVPLQTDLRKFRTYKGGSVRDLLRAMRNKKHHYRELPAEVRETLGSLPDDFVCYFTSRFPHLLAHTYRAMELCSHERLFQPYYFHE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
分子量 formula_weight	17031.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

PVLRSVNSREPSQVIFCNRSPRVVLPVWLNFDGEPQPYPTLPPGTGRRIHSYRGHLWLFRDAGTHDGLLVNQTELFVPSLNVDGQPIFANITLPVYTLKERCLQVVRSLVKPENYRRLDIVRSLYEDLEDHPNVQKDLERLTQERIA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	10625.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,C

MYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Elongin-B peptide
分子量 formula_weight	639.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

RPQAPA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	;3-methyl-N-(5-{4-[(1r,4S)-4-{[7-oxo-8-(propan-2-yl)-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]amino}cyclohexyl]piperazin-1-yl}pentanoyl)-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl}-L-prolinamide ;
分子量 formula_weight	883.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	400055

fit	/app/data/saxs_computation/n8/9n88/9n88.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n8/9n88/9n88.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n8/9n88/9n88.dat

PROTAC-induced IRE1 ternary complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)