SAXSdb — 9n8i

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n8i
沉积日期 deposition_date	2025-02-08
结构标题 title	Pfs230 domain 1 bound by RUPA-39 Fab
关键词 keywords	Antibody, Malaria, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.50 Å
零角强度 I(0) i0	106195000.00
分子量 molecular_weight	81805.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102170 Å³
包络体积 envelope_volume	132080 Å³
水化壳体积 shell_volume	35112 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.15 Å
包络 Rg envelope_rg	32.46 Å
形状 Rg shape_rg	32.47 Å
总 Rg total_rg	33.06 Å
总原子数 total_atoms	5754
残基数 n_residues	745
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	106200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8834
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.395
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.905

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	RUPA-39 Heavy chain
分子量 formula_weight	24054.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6088

DVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSSYTMNWVRQAPGKGLEWVSSISTNIRYIYYADSVKGRFTISRDNAKNSLFLQMDSLRAEDTAVYYCATIAGPLSLKGDFYFDSWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	RUPA-39 Kappa chain
分子量 formula_weight	23420.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCRASQSVSSSLAWYQQKPGQAPRLLIHGASTRATGIPTRFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQQYANWPPWTFGQGTKVESKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Gametocyte surface protein P230
分子量 formula_weight	20515.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

VDELDKIDLSYETTESGDTAVSEDSYDKYASQNTNKEYVCDFTDQLKPTESGPKVKKCEVKVNEPLIKVKIICPLKGSVEKLYDNIEYVPKKSPYVVLTKEETKLKEKLLSKLIYGLLISPTVNEKENNFKEGVIEFTLPPVVHKATVFYFICDNSKTEDDNKKGNRGIVEVYVEPYGGSL

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Anti-kappa nanobody
分子量 formula_weight	13303.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

GQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	328

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	62.950 Å
晶胞边长 b length_b	76.110 Å
晶胞边长 c length_c	88.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	48.540 Å
R 因子 r_factor	0.1896
R_work r_work	0.1884
R_free r_free	0.2332

fit	/app/data/saxs_computation/n8/9n8i/9n8i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n8/9n8i/9n8i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n8/9n8i/9n8i.dat

Pfs230 domain 1 bound by RUPA-39 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)