9n8j

Stabilized tandem antigen chimera of Pfs230 and Pfs48/45 bound by potent mAbs

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 129.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n8j
沉积日期 deposition_date	2025-02-08
结构标题 title	Stabilized tandem antigen chimera of Pfs230 and Pfs48/45 bound by potent mAbs
关键词 keywords	Pfs230, Pfs48/45, structure-based immunogen design, human transmission-blocking antibodies, Malaria, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.06 Å
零角强度 I(0) i0	274968000.00
分子量 molecular_weight	135080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	168980 Å³
包络体积 envelope_volume	222590 Å³
水化壳体积 shell_volume	48074 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.04 Å
包络 Rg envelope_rg	38.53 Å
形状 Rg shape_rg	39.03 Å
总 Rg total_rg	39.43 Å
总原子数 total_atoms	9512
残基数 n_residues	1184
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.9 Å
Rg (实空间) rg_real	39.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	275000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8952
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.276
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.593
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.903

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	RUPA-97 Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	24074.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	9512

EVQLVENGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTISSYGMNWVRQAPGKGLEWVSSISSGSTYKYYSDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNTLRAEDTAVYYCARAPEPGLTWFGEWGDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	RUPA-97 Fab Kappa chain
分子量 formula_weight	23511.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EIVLTQSPVTLSLSPGERATLSCRASLSISSSLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRSIWPPITFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	RUPA-44 Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	24277.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISRSPYYWGWIRQPPGKGLEWFGSIYNNGSTYYNPPLKSRLTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARHGGSTGMKVVVIAPPDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	RUPA-44 Fab Kappa chain
分子量 formula_weight	23483.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

DIQMTQSPATLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGEAPKLLIYKASSLQSGVPSRFSGSGSGTKFSLTISSLQPDDFATFYCQQYHSYPYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	TB31F Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	23841.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

EVQLVQSGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFNNYWMSWVRQAPGKGLEWVSSISNIGGTIYYPDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCTRDLRMSDYFDYWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Rattus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10114
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	TB31F Fab Lambda chain
分子量 formula_weight	23256.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

NFMLTQPHSVSESPGKTVTISCTRSTGNIGSNYVSWYQQRPGSSPTTVIYRDDQRPSGVPDRFSGSIDRSSNSASLTISGLKTEDEADYYCHSYSTGMYIFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10114
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 polymer

描述 description	LMIV230-01 Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	23340.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKVSGGTFNTYAIIWVRQAPGQGLEWMGAIIPFQDRGQYAQKFQGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAKESGRAVADRWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 8 polymer

描述 description	LMIV230-01 Fab Kappa chain
分子量 formula_weight	23754.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

DIVMTQSPASLALSLGERATLYCRASHSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASTLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYKSYPWTFGQGTKLEIKRRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 9 polymer

描述 description	Gametocyte surface protein P230,Gametocyte surface protein P45/48
分子量 formula_weight	36844.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

ETGVGVDELDKIDLSYETTESGDTAVSEDSYDKYASQNTNKEYVCDFTDQLKPTESGPKVKKCEVKVNEPNIKVKIICPLKGSVEKLYDNIEYVPKKSPYVVLTKEETKLKEKLLSKLIKGLKISPTVNEKENNFKEGVIEFTLPPVVTKATVFYFICDNSKTEDDNKKGNRGIVEVYVEPYGKIKGCQFSSNVSSPYKFSDSLDISLVDDSAHISCNVHLSEPTYDVWVGLNCPGDIIPDCFFQVYQPESEELEPSNIVYLDSQINIGNIEYYEDAIGDDKIKLFYIKGSVPKTTSFTCICKKDKKSAYMTVTIDSAGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 10 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.220 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.22 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	147546

fit	/app/data/saxs_computation/n8/9n8j/9n8j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n8/9n8j/9n8j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n8/9n8j/9n8j.dat

Stabilized tandem antigen chimera of Pfs230 and Pfs48/45 bound by potent mAbs

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 branched

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)