9n8n

Tandem antigen chimera of Pfs230 and Pfs48/45 bound by potent mAbs

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 171.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n8n
沉积日期 deposition_date	2025-02-09
结构标题 title	Tandem antigen chimera of Pfs230 and Pfs48/45 bound by potent mAbs
关键词 keywords	Malaria vaccine, antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.49 Å
零角强度 I(0) i0	246492000.00
分子量 molecular_weight	130730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	163750 Å³
包络体积 envelope_volume	240790 Å³
水化壳体积 shell_volume	40176 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.81 Å
包络 Rg envelope_rg	51.77 Å
形状 Rg shape_rg	52.49 Å
总 Rg total_rg	52.48 Å
总原子数 total_atoms	9179
残基数 n_residues	1144
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.2 Å
Rg (实空间) rg_real	53.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	246100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5684
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.485
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.661
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.7640
最高正则化参数 α highest_alpha	9751000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.649; Stabil: 0.960; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.534; Smooth: 0.026

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

描述 description	RUPA-39 heavy chain
分子量 formula_weight	24054.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9630

DVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSSYTMNWVRQAPGKGLEWVSSISTNIRYIYYADSVKGRFTISRDNAKNSLFLQMDSLRAEDTAVYYCATIAGPLSLKGDFYFDSWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	RUPA-39 Kappa chain
分子量 formula_weight	23420.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCRASQSVSSSLAWYQQKPGQAPRLLIHGASTRATGIPTRFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQQYANWPPWTFGQGTKVESKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	RUPA-44 Kappa chain
分子量 formula_weight	23483.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

DIQMTQSPATLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGEAPKLLIYKASSLQSGVPSRFSGSGSGTKFSLTISSLQPDDFATFYCQQYHSYPYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	RUPA-44 heavy chain
分子量 formula_weight	24277.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISRSPYYWGWIRQPPGKGLEWFGSIYNNGSTYYNPPLKSRLTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARHGGSTGMKVVVIAPPDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Gametocyte surface protein P230,Gametocyte surface protein P45/48
分子量 formula_weight	36568.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

VGVDELDKIDLSYETTESGDTAVSEDSYDKYASQNTNKEYVCDFTDQLKPTESGPKVKKCEVKVNEPLIKVKIICPLKGSVEKLYDNIEYVPKKSPYVVLTKEETKLKEKLLSKLIYGLLISPTVNEKENNFKEGVIEFTLPPVVHKATVFYFICDNSKTEDDNKKGNRGIVEVYVEPYGKIHGCQFSSNVSSKYTFTDSLDISLVDDSAHISCNVHLSEPKYNHLVGLNCPGDIIPDCFFQVYQPESEELEPSNIVYLDSQINIGDIEYYEDAEGDDKIKLFLIVGSVPKTTSFTCICKKDKKSAYMTVTIDSAGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 8 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 11 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 13 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 15 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	451

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	227.990 Å
晶胞边长 b length_b	80.490 Å
晶胞边长 c length_c	137.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.220 Å
最低分辨率 resolution_low	70.100 Å
R 因子 r_factor	0.1753
R_work r_work	0.1744
R_free r_free	0.2097

fit	/app/data/saxs_computation/n8/9n8n/9n8n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n8/9n8n/9n8n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n8/9n8n/9n8n.dat

Tandem antigen chimera of Pfs230 and Pfs48/45 bound by potent mAbs

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)