9ncd

Crystal structure of the peanut allergen Ara h 9 with bound Fab IGX-3103 and antiFab nanobody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ncd
沉积日期 deposition_date	2025-02-15
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	Crystal structure of the peanut allergen Ara h 9 with bound Fab IGX-3103 and antiFab nanobody
关键词 keywords	allergy, antibody complex, peanut, ALLERGEN; ALLERGEN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.36 Å
零角强度 I(0) i0	80865700.00
分子量 molecular_weight	68713.0 kDa
排除体积 excluded_volume	85039 Å³
包络体积 envelope_volume	109190 Å³
水化壳体积 shell_volume	31599 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.02 Å
包络 Rg envelope_rg	29.10 Å
形状 Rg shape_rg	29.30 Å
总 Rg total_rg	30.16 Å
总原子数 total_atoms	9427
残基数 n_residues	648
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	80870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8980
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.273
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.501
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	13940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.917

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab IGX-3103 light chain
分子量 formula_weight	23182.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	10209

DIQVTQSPSSLSASVGDRVNISCRTSQSIGTFLNWFQQRPGKAPKLLISGASDLQSGVPSSISGSGSGTEFTLTISSLQPEDFAVYYCEQHYDVPFTFGGGTNIYVKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Fab IGX-3103 heavy chain
分子量 formula_weight	49138.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLVQPGRSLRLACAASGFTFEDHALHWVRQVPGQGLEWVSGINWSGGSVAYADAVKGRFTISRNNANNSLYLEMISLRPEDTALYYCVRDSGAGFFASLDNWGLGVLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	anti Kappa light chain nanobody (antiFab)
分子量 formula_weight	13390.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GSQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Non-specific lipid-transfer protein
分子量 formula_weight	9120.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GLSCGQVNSALAPCITFLTKGGVPSGPCCSGVRGLLGAAKTTADRQAACNCLKAAAGSLHGLNQGNAAALPGRCGVSIPYKISTSTNCATIKF

来源 Source

来源生物 organism	Arachis hypogaea
通用名 common_name	peanut
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3818
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	561

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	62.387 Å
晶胞边长 b length_b	87.820 Å
晶胞边长 c length_c	66.558 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	33.230 Å
R 因子 r_factor	0.1699
R_work r_work	0.1687
R_free r_free	0.1949

fit	/app/data/saxs_computation/nc/9ncd/9ncd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nc/9ncd/9ncd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nc/9ncd/9ncd.dat

Crystal structure of the peanut allergen Ara h 9 with bound Fab IGX-3103 and antiFab nanobody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)