9ncu

;NitrOFF1 "OFF" State ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 209.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ncu
沉积日期 deposition_date	2025-02-17
结构标题 title	;NitrOFF1 "OFF" State ;
关键词 keywords	Fluorescent Switch, FLUORESCENT PROTEIN; FLUORESCENT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	71.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	71.34 Å
零角强度 I(0) i0	8338930000.00
分子量 molecular_weight	773150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	966840 Å³
包络体积 envelope_volume	1356200 Å³
水化壳体积 shell_volume	161840 Å³
包络直径 envelope_diameter	233.9 Å
壳层 Rg shell_rg	67.27 Å
包络 Rg envelope_rg	70.03 Å
形状 Rg shape_rg	71.33 Å
总 Rg total_rg	71.30 Å
总原子数 total_atoms	54506
残基数 n_residues	6804
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	209.3 Å
Rg (实空间) rg_real	71.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3190e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6150e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8316000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8292
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	76.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.507
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.402
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0208
最高正则化参数 α highest_alpha	506800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.042

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	;Engineered fluorescent biosensor NitrOFF1 in the "OFF" State ;
分子量 formula_weight	42661.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	54506

SKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLXVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYIQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLVYNLDNVIVSDYFDYQDALDEIRETEKFDFAAIALPEDGPHSAVIKWKYASGNIDYRYRMIVLRPGEGLAGLVIRTGSRKIVEDVDTELSQNDKLGCPIVLSEALTALVAIPLWKNNRVYGALLLGQREGRPLPEGSTTFRVNQRLGSYTDEINKQGNVYIKADKQKNGIKANFKIRHSIEDGGVQLAYHYQQNTPIGDGPVLLPDDHYLSVQSELSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	58

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	275.598 Å
晶胞边长 b length_b	275.598 Å
晶胞边长 c length_c	438.756 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	162

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.170 Å
最低分辨率 resolution_low	49.830 Å
R 因子 r_factor	0.2284
R_work r_work	0.2279
R_free r_free	0.2722

fit	/app/data/saxs_computation/nc/9ncu/9ncu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nc/9ncu/9ncu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nc/9ncu/9ncu.dat

;NitrOFF1 "OFF" State ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction