9nd9

;[T:Ag+/Hg2+:T--(pH11-pH9.5; 5s)] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle grown at pH 8 and soaked in pH 9.5 Ag/Hg for 5s ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nd9
沉积日期 deposition_date	2025-02-17
最后修订 last_revision	2025-12-31
结构标题 title	;[T:Ag+/Hg2+:T--(pH11-pH9.5; 5s)] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle grown at pH 8 and soaked in pH 9.5 Ag/Hg for 5s ;
关键词 keywords	Tensegrity triangle, metal-mediated DNA, DNA; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.13 Å
零角强度 I(0) i0	8625520.00
分子量 molecular_weight	13271.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12619 Å³
包络体积 envelope_volume	20422 Å³
水化壳体积 shell_volume	9782 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.6 Å
壳层 Rg shell_rg	23.67 Å
包络 Rg envelope_rg	21.48 Å
形状 Rg shape_rg	21.24 Å
总 Rg total_rg	21.26 Å
总原子数 total_atoms	860
残基数 n_residues	42
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6260e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8625000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7087
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	15.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.649
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.333
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	541900.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.375; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.132; Smooth: 0.974

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPGPCPAPGPCPCPTPGPTPTPTPGPGPAPCPAPTPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	6463.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	860

GAGCAGCCTGTTTGGACATCA

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPAPTPAPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2066.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CCATACA

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPCPTPGPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	2129.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GGCTGCT

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPTPGPAPTPGP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	2128.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CTGATGT

Entity 5 non-polymer

描述 description	SILVER ION
分子量 formula_weight	107.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	104.940 Å
晶胞边长 b length_b	104.940 Å
晶胞边长 c length_c	95.751 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	4.660 Å
最低分辨率 resolution_low	19.830 Å
R 因子 r_factor	0.1662
R_work r_work	0.1654
R_free r_free	0.1803

fit	/app/data/saxs_computation/nd/9nd9/9nd9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nd/9nd9/9nd9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nd/9nd9/9nd9.dat

;[T:Ag+/Hg2+:T--(pH11-pH9.5; 5s)] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle grown at pH 8 and soaked in pH 9.5 Ag/Hg for 5s ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)