9ndc

[3,14,12-2] Shifted tensegrity triangle with an (arm,center,arm) distribution of (3,14,12) base pairs and 2 nt sticky ends

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 110.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ndc
沉积日期 deposition_date	2025-02-18
最后修订 last_revision	2025-06-11
结构标题 title	[3,14,12-2] Shifted tensegrity triangle with an (arm,center,arm) distribution of (3,14,12) base pairs and 2 nt sticky ends
关键词 keywords	tensegrity triangle, DNA; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.28 Å
零角强度 I(0) i0	16671500.00
分子量 molecular_weight	19093.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18389 Å³
包络体积 envelope_volume	32519 Å³
水化壳体积 shell_volume	11513 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.0 Å
壳层 Rg shell_rg	29.15 Å
包络 Rg envelope_rg	30.86 Å
形状 Rg shape_rg	30.26 Å
总 Rg total_rg	30.22 Å
总原子数 total_atoms	1265
残基数 n_residues	62
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.4 Å
Rg (实空间) rg_real	30.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6347
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	16.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.681
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.367
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	327100.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.130; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.017; Smooth: 0.842

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9532.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1265

CAGCCTGACTCACACGTGGACGACTGACGAG

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	902.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GGC

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPCPTPCPGPTPCPAPGPTPCPGPT)-3') ;
分子量 formula_weight	4262.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TGCTCGTCAGTCGT

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPAPCPGPTPGPTPGPAPGPTPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	4280.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CCACGTGTGAGTCA

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.842 Å
晶胞边长 b length_b	167.842 Å
晶胞边长 c length_c	92.111 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	6.340 Å
最低分辨率 resolution_low	36.930 Å
R 因子 r_factor	0.2393
R_work r_work	0.2377
R_free r_free	0.2602

fit	/app/data/saxs_computation/nd/9ndc/9ndc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nd/9ndc/9ndc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nd/9ndc/9ndc.dat

[3,14,12-2] Shifted tensegrity triangle with an (arm,center,arm) distribution of (3,14,12) base pairs and 2 nt sticky ends

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)