9ndj

Cryo-EM structure of the endogenous ClpP1/ClpP2 heterocomplex from Pseudomonas aeruginosa bound to the AAA+ ClpX unfoldase.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 161.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ndj
沉积日期 deposition_date	2025-02-18
结构标题 title	Cryo-EM structure of the endogenous ClpP1/ClpP2 heterocomplex from Pseudomonas aeruginosa bound to the AAA+ ClpX unfoldase.
关键词 keywords	ClpXP, full-engaged state, AAA protease, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.80 Å
零角强度 I(0) i0	3819030000.00
分子量 molecular_weight	523270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	657490 Å³
包络体积 envelope_volume	964470 Å³
水化壳体积 shell_volume	138860 Å³
包络直径 envelope_diameter	174.9 Å
壳层 Rg shell_rg	61.97 Å
包络 Rg envelope_rg	54.54 Å
形状 Rg shape_rg	56.82 Å
总 Rg total_rg	56.86 Å
总原子数 total_atoms	74008
残基数 n_residues	4706
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.3 Å
Rg (实空间) rg_real	56.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8190e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3821000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8381
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	69.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.220
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.537
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	313000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
分子量 formula_weight	47049.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,A,B,C,D,E
原子数 atom_count	74008

MTDTRNGEDNGKLLYCSFCGKSQHEVRKLIAGPSVFICDECVDLCNDIIREEVQEAQAESSGHKLPAPKEIRTILDQYVIGQERAKKVLAVAVYNHYKRLNQRDKKDDIELGKSNILMIGPTGSGKTLLAETLARLLNVPFTIADATTLTEAGYVGEDVENIIQKLLQKCDYDVEKAQMGIVYIDEIDKISRKSDNPSITRDVSGEGVQQALLKLIEGTVASVPPQGGRKHPQQEFLQVDTRNILFICGGAFAGLERVIQNRSARGGIGFNAEVRSQEMGKKVGEAFKEVEPEDLVKFGLIPEFVGRLPVIATLDELDEAALMQILTEPKNALTKQYAKLFEMEGVDLEFRPDALKAVARKALERKTGARGLRSILEGILLDTMYEIPSQQDVSKVVIDESVIDGSSQPLMIYENSEKPAKAAPEA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Unknown substrate
分子量 formula_weight	443.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

XXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	23529.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K,L,M,N

MSRNSFIPHVPDIQAAGGLVPMVVEQSARGERAYDIYSRLLKERIIFLVGQVEDYMANLVVAQLLFLEAENPEKDIHLYINSPGGSVTAGMSIYDTMQFIKPNVSTTCIGQACSMGALLLAGGAAGKRYCLPHSRMMIHQPLGGFQGQASDIEIHAKEILFIKERLNQILAHHTGQPLDVIARDTDRDRFMSGDEAVKYGLIDKVMTQRDLAV

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Pseudomonas aeruginosa

Entity 4 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	23167.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R,S,T,U,V

MKTDDKDREGGDSHGAIGAKLMEYALKVRKVFVTGGVDEKMAKDVVQQLHILASISDDPIYMFVNSPGGHVESGDMIFDAIRFITPKVIMIGSGSVASAGALIYAAADKENRYSLPNTRFLLHQPSGGIQGPASNIEIYRREIVRMKERLDRIFAEATGQTPEKISADTERDFWLNAEEAVQYGLVNKIIVSEREITLPGQDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Pseudomonas aeruginosa

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.87 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	135056

fit	/app/data/saxs_computation/nd/9ndj/9ndj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nd/9ndj/9ndj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nd/9ndj/9ndj.dat

Cryo-EM structure of the endogenous ClpP1/ClpP2 heterocomplex from Pseudomonas aeruginosa bound to the AAA+ ClpX unfoldase.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)