9ndu

Crystal Structure of Ferric Human ADO C18S/C239S Variant in Complex with Hydralazine at 1.98 Angstrom Resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ndu
沉积日期 deposition_date	2025-02-18
最后修订 last_revision	2026-03-11
结构标题 title	Crystal Structure of Ferric Human ADO C18S/C239S Variant in Complex with Hydralazine at 1.98 Angstrom Resolution
关键词 keywords	cysteamine dioxygenase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.23 Å
零角强度 I(0) i0	49462000.00
分子量 molecular_weight	53652.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66841 Å³
包络体积 envelope_volume	86104 Å³
水化壳体积 shell_volume	28556 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.23 Å
包络 Rg envelope_rg	25.47 Å
形状 Rg shape_rg	25.23 Å
总 Rg total_rg	26.02 Å
总原子数 total_atoms	3771
残基数 n_residues	470
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49460000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8673
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.291
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.959

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	2-aminoethanethiol dioxygenase
分子量 formula_weight	29754.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3928

MPRDNMASLIQRIARQASLTFRGSGGGRGASDRDAASGPEAPMQPGFPENLSKLKSLLTQLRAEDLNIAPRKATLQPLPPNLPPVTYMHIYETDGFSLGVFLLKSGTSIPLHDHPGMHGMLKVLYGTVRISCMDKLDAGGGQRPRALPPEQQFEPPLQPREREAVRPGVLRSRAEYTEASGPCILTPHRDNLHQIDAVEGPAAFLDILAPPYDPDDGRDCHYYRVLEPVRPKEASSSASDLPREVWLLETPQADDFWCEGEPYPGPKVFP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	1-hydrazinophthalazine
分子量 formula_weight	160.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	145

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.607 Å
晶胞边长 b length_b	87.468 Å
晶胞边长 c length_c	118.362 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	43.620 Å
R 因子 r_factor	0.2198
R_work r_work	0.2175
R_free r_free	0.2641

fit	/app/data/saxs_computation/nd/9ndu/9ndu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nd/9ndu/9ndu.pr.out
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