9nez

Structure of the Pyrococcus furiosus SHI complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 188.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nez
沉积日期 deposition_date	2025-02-20
结构标题 title	Structure of the Pyrococcus furiosus SHI complex
关键词 keywords	hydrogen production, [NiFe] hydrogenase, cryo-EM structure, electron transport; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.94 Å
零角强度 I(0) i0	1329420000.00
分子量 molecular_weight	303970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	379840 Å³
包络体积 envelope_volume	496100 Å³
水化壳体积 shell_volume	82828 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.3 Å
壳层 Rg shell_rg	51.33 Å
包络 Rg envelope_rg	52.53 Å
形状 Rg shape_rg	53.09 Å
总 Rg total_rg	52.35 Å
总原子数 total_atoms	21120
残基数 n_residues	2596
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	188.9 Å
Rg (实空间) rg_real	52.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3290e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1328000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8004
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.670
峰度 Kurtosis kurtosis	0.048
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	112300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.636; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.913; Smooth: 0.586

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Sulfhydrogenase 1 subunit delta
分子量 formula_weight	29269.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	21120

MGKVRIGFYALTSCYGCQLQLAMMDELLQLIPNAEIVCWFMIDRDSIEDEKVDIAFIEGSVSTEEEVELVKKIRENAKIVVAVGACAVQGGVQSWSEKPLEELWKKVYGDAKVKFQPKKAEPVSKYIKVDYNIYGCPPEKKDFLYALGTFLIGSWPEDIDYPVCLECRLNGHPCILLEKGEPCLGPVTRAGCNARCPGFGVACIGCRGAIGYDVAWFDSLAKVFKEKGMTKEEIIERMKMFNGHDERVEKMVEKIFSGGEQ

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus

Entity 2 polymer

描述 description	Sulfhydrogenase 1 subunit beta
分子量 formula_weight	43464.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.98.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MRYVKLPKENTYEFLERLKDWGKLYAPVKISDKFYDFREIDDVRKIEFHYNRTIMPPKKFFFKPREKLFEFDISKPEYREVIEEVEPFIIFGVHACDIYGLKILDTVYLDEFPDKYYKVRREKGIIIGISCMPDEYCFCNLRETDFADDGFDLFFHELPDGWLVRVGTPTGHRLVDKNIKLFEEVTDKDICAFRDFEKRRQQAFKYHEDWGNLRYLLELEMEHPMWDEEADKCLACGICNTTCPTCRCYEVQDIVNLDGVTGYRERRWDSCQFRSHGLVAGGHNFRPTKKDRFRNRYLCKNAYNEKLGLSYCVGCGRCTAFCPANISFVGNLRRILGLEENKCPPTVSEEIPKRGFAYSSNIRGDGV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus

Entity 3 polymer

描述 description	Sulfhydrogenase 1 subunit gamma
分子量 formula_weight	33093.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.98.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MMLPKEIMMPNDNPYALHRVKVLKVYSLTETEKLFLFRFEDPELAEKWTFKPGQFVQLTIPGVGEVPISICSSPMRKGFFELCIRKAGRVTTVVHRLKPGDTVLVRGPYGNGFPVDEWEGMDLLLIAAGLGTAPLRSVFLYAMDNRWKYGNITFINTARYGKDLLFYKELEAMKDLAEAENVKIIQSVTRDPNWPGLKGRPQQFIVEANTNPKNTAVAICGPPRMYKSVFEALINYGYRPENIFVTLERRMKCGIGKCGHCNVGTSTSWKYICKDGPVFTYFDIVSTPGLLD

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus

Entity 4 polymer

描述 description	Sulfhydrogenase 1 subunit alpha
分子量 formula_weight	48381.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MKNLYLPITIDHIARVEGKGGVEIIIGDDGVKEVKLNIIEGPRFFEAITIGKKLEEALAIYPRICSFCSAAHKLTALEAAEKAVGFVPREEIQALREVLYIGDMIESHALHLYLLVLPDYRGYSSPLKMVNEYKREIEIALKLKNLGTWMMDILGSRAIHQENAVLGGFGKLPEKSVLEKMKAELREALPLAEYTFELFAKLEQYSEVEGPITHLAVKPRGDAYGIYGDYIKASDGEEFPSEKYRDYIKEFVVEHSFAKHSHYKGRPFMVGAISRVINNADLLYGKAKELYEANKDLLKGTNPFANNLAQALEIVYFIERAIDLLDEALAKWPIKPRDEVEIKDGFGVSTTEAPRGILVYALKVENGRVSYADIITPTAFNLAMMEEHVRMMAEKHYNDDPERLKILAEMVVRAYDPCISCSVHVVRL

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus

Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

Entity 6 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni)
分子量 formula_weight	195.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.470 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.47 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	110211

fit	/app/data/saxs_computation/ne/9nez/9nez.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ne/9nez/9nez.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ne/9nez/9nez.dat

Structure of the Pyrococcus furiosus SHI complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)