← 返回搜索
9nfu

CryoEM Structure of De Novo Antibody Fragment scFv 6 with C. difficile Toxin B (TcdB)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 183.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nfu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nfu
下载 Download
▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9nfu
沉积日期 deposition_date2025-02-21
结构标题 titleCryoEM Structure of De Novo Antibody Fragment scFv 6 with C. difficile Toxin B (TcdB)
关键词 keywordsTcdB, De Novo, scFv 6, De Novo Antibody, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.45 Å
零角强度 I(0) i0531483000.00
分子量 molecular_weight189780.0 kDa
排除体积 excluded_volume236500 ų
包络体积 envelope_volume366910 ų
水化壳体积 shell_volume64007 ų
包络直径 envelope_diameter186.1 Å
壳层 Rg shell_rg49.56 Å
包络 Rg envelope_rg51.12 Å
形状 Rg shape_rg51.54 Å
总 Rg total_rg51.04 Å
总原子数 total_atoms13470
残基数 n_residues1969
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax183.6 Å
Rg (实空间) rg_real52.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.09 Å
I(0) (实空间) i0_real5.3150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal531000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8130
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.0 Å
偏度 Skewness skewness0.512
峰度 Kurtosis kurtosis-0.505
角度范围 angular_range— – 0.1500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35700000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.628; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.913; Smooth: 0.770
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (2)

▶

7. 引用文献 (1)

▶

8. 文件与曲线 (10)